2016年3月26日，北海道新干线开通，日本新干线网由此几乎覆盖北海道至南部九州岛主要岛屿。
空运
日本航空业相当发达。以东京成田和羽田机场以及大阪关西机场为中心，形成四通八达的空运网络。主要航空公司有日本航空公司（JAL）、全日本空输公司（All Nippon Airways Co.，简称“全日空”），年运送旅客约1亿人次，运输货物约220万吨。据日本国土交通省数据，2020年日本各大航空公司国内航线旅客运输量为4674万人次，同比下降56.2%，国内航空货物运输量49.7万吨，同比下降37.3%；国际航线旅客运输量为436万人次，同比下降81.4%，国际航空货物运输量128.2万吨，同比下降11.2%。北京、上海、广州、沈阳、大连、青岛、武汉、重庆等多个中国城市均与日本东京、大阪等机场开通国际航线。
东京羽田机场国际机场
日本旅客流量最大的是位于东京羽田的东京国际机场。东京国际机场通常被称为羽田机场。于1931年启用的羽田机场是日本的首座商业机场，在1978年东京新国际机场启用之前，一直担负着国内和国际航线的运营业务。成田机场正式运营之后，羽田机场成为以国内航线为中心的机场，而2010年第4条跑道开始启用，又充实了国际航线。除了首尔、上海、香港等亚洲城市，还有飞往洛杉矶、纽约和巴黎等欧美主要城市的直达航班。羽田机场也于2010年10月开始全天24小时运营。
东京成田国际机场
新东京国际机场也称成田机场，位于东京以东约66千米（41英里）的地方。成田机场自1978年正式运营以来，作为日本的大门迎接了众多的海外旅客。2009年扩充了跑道，增加了航班。还开通了成田Sky Access特快列车，只需要36分钟便可以抵达东京都中心，越来越方便。
大阪国际机场
大阪国际机场也称伊丹机场。在1994年9月关西国际机场启用前，一直担负着飞往关西地区的大多数国内航班和所有国际航班的业务。现主要用于国内航班起落。
关西国际机场
关西国际机场坐落在大阪湾的人造岛。除了为更多的国际航空运营商提供延伸的业务和进出港服务之外，这座机场还是日本第一家全天24小时营运的航空机构。2016年的起降总数约为架。机场配有最新技术的自动控制系统，可以在没有旅客时自动停止空调运转，升降系统可以自动测量下沉情况，在问题发生之前进行修正等。
水运
日本对外贸易主要依靠海运。全国主要港口有神户、横滨、千叶、名古屋、大阪、北九州等。截至2017年12月31日，日本有各类商船5278艘，总吨数达2650.7万吨。因挂靠其他国家可降低成本，许多日本船舶都在其他国家注册。
社会：
科技
二战结束后，日本科学技术迅猛发展。政府每五年制定一次《科学技术基本计划》，生命科学、信息通讯、环境保护、新材料、能源、制造技术、宇宙开发等是日本科技优势领域。每年的科研经费约占GDP的3.7%，位居发达国家榜首。
日本2019年科研经费约19.57万亿日元，同比增长0.3%，约占GDP的3.5%。其中，自然科学科研经费约18.17万亿日元，占全部科研经费支出的92.8%。科研经费总额仅次于美国、中国，排名世界第三。
2019年企业科研经费14.21万亿日元，同比下降0.1%。从产业分类看，“制造业”科研经费占比87.0%，其次是“学术研究、专业技术服务业”。
据日本文部省科学技术政策研究所制定的评价标准，日本的综合科学技术指标值位列美国之后，排名第二。
教育
日本政府历来注重教育。日本于1947年实行了《教育基本法》和《学校教育法》。
学校教育分为学前教育、初等教育、中等教育、高等教育四个阶段，学制为小学6年、初中3年、高中3年、大学4年。另外还成立了短期大学，学制为2~3年。其中小学到初中为9年义务教育。
大学有国立大学、公立大学和私立大学。不少大学还设立大学院、研究院，提供高级研究课程。着名国立综合大学有东京大学、京都大学等，着名私立大学有早稻田大学、庆应义塾大学等。??着名国立大学有以东京大学为首的七所旧帝国大学，即东京大学、京都大学、东北大学、九州大学、北海道大学、大阪大学和名古屋大学。着名私立大学有早稻田大学、庆应义塾大学、法政大学等。着名高校联盟有学术研究恳谈会、八大学工学系联合会、指定国立大学等。此外，日本国内函授、夜校、广播、电视教育等较普遍。
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