1991年8月19日，该共和国紧急状态委员会（SCSE）借助莫斯科方面的力量，尝试罢免总统阿卡耶夫。计划失败后一个星期，阿卡耶夫和副总统库兹涅托夫宣布退出苏联共产党，辞去书记一职，并将整个政府机构解散。受其影响，紧接着在8月31日的最高苏维埃议会投票中宣布脱离苏联独立，改国名为吉尔吉斯斯坦共和国。1993年5月5日，又改名为吉尔吉斯共和国。
阿卡耶夫独裁
1993年宪法定义政府体制为一民主共和制的共和国。行政部门包括总统和总理，国会为两院制，司法部门包括最高法院、宪法法庭、地方法院和检察总长。
随着经济恶化，从1994年中期开始，阿卡耶夫逐渐转向威权统治。接着数年，在与议会的冲突中，阿卡耶夫透过公民投票直接寻求民意支持，分别在1996年2月与1998年10月修宪，以扩大总统权力、修改选举规则。
2002年3月发生在南部阿赫昔区六名抗议任意拘捕反对党政治人物的民众遭警察射杀的事件，引发了全国性抗议。在民间社团和反对党代表的参与之下，阿卡耶夫总统启动了宪法改革进程。此进程最初有政府、民间、和社会代表的广大参与和开放对话，产生了2003年2月投票过程有缺失的公民投票。公民投票通过的宪法修正案导致了总统扩权和国会与宪法法庭弱化。根据新宪法，在2005年的国会选举之后，原先的两院制国会将成为75席的单院国会。
过渡政府领导人正在发展新的治理结构并着手解决重要的宪法争议。国家团结委员会宣布，六月将举行总统选举，而在其三个月之后将举行国会选举。
郁金香革命
2005年吉尔吉斯斯坦政局动荡，针对议会第二轮选举中的舞弊行为，陆续有示威活动，其诉求演变为要求政府辞职。3月24日，上万反对者聚及在比什凯克要求总统以及他的政府辞职，亦即是“郁金香革命”。总统阿卡耶夫先逃到哈萨克斯坦，最后到达莫斯科。3月28日，吉尔吉斯斯坦新一届议会选举出反对派领导人、前总理巴基耶夫为政府总理，并代行总统的职责。当时在莫斯科的总统阿卡耶夫于4月4日辞职。
在2005年7月10日的总统大选中，巴基耶夫以压倒性的89.4%票数成功当选总统，并于8月14日宣誓就任。
巴基耶夫时期
2008年12月，官方媒体公共电视广播公司（KTRK）宣布它要求自由欧洲电台提前递交节目以获许可播出。根据2005年的一项协议，KTRK应转播这些节目。 KTRK在2008年10月8日停止了对自由欧洲电台的转播。此前一周，KTRK未转播一个自由欧洲电台的节目“不舒服的问题”，声称丢失了未被播放的材料，而该节目关于10月5日的地方选举。巴基耶夫总统在2008年9月谴责这个节目偏向反对派。KTRK称自由欧洲电台节目“过于消极和过于批判”。无国界记者强烈谴责了KTRK停止转播的决定。在该组织公布的2009年度全球新闻自由指数排名上，吉尔吉斯斯坦在175个国家中排名第125。在2014年度全球新闻自由指数排名上，吉尔吉斯斯坦在180个国家中排名第97。
2009年2月3日，库尔曼别克·巴基耶夫总统宣布立即关闭玛纳斯空军基地——美国留在中亚的唯一军事基地。2月19日，议会以压倒性多数（78-1）通过了政府提交的关于废除美军租用玛纳斯空军基地协议基地的议案。然而，经过吉尔吉斯斯坦、俄罗斯、美国外交官的多次幕后协商之后，吉尔吉斯斯坦收回了关闭基地的决定。6月25日，吉尔吉斯斯坦议会批准了在美玛纳斯空军基地基础上建立转运中心的协议。新的合同允许美国人继续使用该基地，然而租费从每年1740万美元涨到6000万美元。该基地将不再叫做“玛纳斯空军基地”，而更名为“物资转运中心”，只能转运非军事物资。玛纳斯空军基地的性质由之前的美军功能全面的军事基地，转变为只能向阿富汗运输非致命性设备的运输中转中心。
吉尔吉斯斯坦是世界上二十个贪腐程度最高的国家之一：2008年吉尔吉斯斯坦的贪污感知指数是1.8（0为最腐化，10为最廉洁）。
2010年革命
2010年再次发生革命，“四七事件”与2005年的郁金香革命类似，源于该国民众对政府和总统巴基耶夫的不满。4月7日晚，反对派组建临时政府，由前外长萝扎·奥通巴耶娃担任临时总统。时任总统的巴基耶夫则逃到南方城市奥什。临时政府5月19日通过法令，委任奥通巴耶娃为过渡时期总统。法令规定，过渡时期总统的任期到2011年12月31日；过渡时期总统无权参加新一届总统选举，吉尔吉斯斯坦斯坦合法政府将于7月10日之后组建。吉尔吉斯斯坦新宪法草案于6月27日全民公决中获得通过，新宪法将限制总统权力，将许多权力过渡给总理。南部两州因为族裔冲突，于6月28日至8月10日恢复实行紧急状态。
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