唐高宗显庆二年（657年）十一月，唐军平定西突厥，安西都护府治所迁回高昌故地。显庆三年五月（658年），安西都护府又迁到龟兹（今库车），安西都护府升格为大都护府。唐高宗改变太宗时只重军事而轻行政管理的做法，在突厥故地分设蒙池都护府和崑陵都护府，并将其附属小国分别设置羁縻州府，西境直抵波斯，都隶属于安西大都护府，使这一带都置于唐朝的直接统治之下。
显庆五年（660年），位于葱岭以西的西突厥都曼部降唐，朝廷派人去该部巡查。唐高宗龙朔元年（661年），又派遣吐火罗道置州县使王名巡视葱岭以西，在于阗以西、波斯以东十六国，设置十六都督府，统辖八十个州，一百一十个县，一百二十六个军府，并在吐火罗立碑记述此事。在此时，安西大都护府的管辖地包括安西四镇、蒙池、崑陵都护府（西突厥故地）、昭武九姓、吐火罗乃至波斯都督府，大体相当于今日新疆与中亚五国、阿富汗的总和。
龙朔二年（662年）之后，吐蕃和唐朝反复争夺安西四镇，此处多处易手，直到唐德宗贞元六年（790年），安西四镇相继完全陷落。
武则天长安二年（702年），北庭都护府设立，管辖原安西大都护府所辖天山北路、热海以东的西突厥故地，安西大都护府只管辖天山南路、葱岭以东的地区，以抵吐蕃对丝绸之路的北侵的战略目的。
西辽时期
西辽（1124年-1218年）是契丹人耶律大石建立的国家，后扩张到中亚，首都虎思斡鲁朵（今吉尔吉斯斯坦托克玛克附近的布拉纳城），一时成为中亚强国。1218年被成吉思汗的蒙古军队灭亡。西辽旧地在1222年被成吉思汗分给次子察合台，察合台汗国后来形成中亚广泛使用的察合台语（后发展为维吾尔语和乌兹别克语）。
察合台汗国时期
察合台汗国原为铁木真次子察合台的封地。初领有西辽旧地，包括天山南、北路与裕勒都斯河和玛纳斯河流域及今日阿姆河、锡尔河之间的中亚河中地区（最强时由阿尔泰山至咸海）。初时建都于阿力麻里附近的虎牙思（固尔札），即今日中华人民共和国新疆霍城县水定镇西北。察合台汗国君主都哇与窝阔台汗国君主海都联合，屡与元朝军队争战，终忽必烈一朝未断，并一度攻占漠北哈拉和林。至公元1304年始与海都子察八儿与元成宗讲和。
清朝时期
清高宗乾隆二十二年（1757年）平定准噶尔蒙古后，吉尔吉斯斯坦人被清朝统治。向清朝纳贡的吉尔吉斯斯坦人被称为“布鲁特”分为东西两部，西布鲁特游牧于喀什噶尔北部河西部、叶尔羌西南部；共有四大部落；东布鲁特游牧于乌什、阿克苏西北，伊犁西南，共有五部落。后来清朝衰落，在1864年的《中俄勘分西北界约记》将外西北割让给俄罗斯帝国，因为人随地归，吉尔吉斯斯坦人从此被俄国统治（一部分因为被准噶尔汗国裹胁叛乱被乾隆帝送交黑龙江富裕县）。
18世纪，今日的吉尔吉斯斯坦地区分别是准噶尔蒙古（北部）及浩罕汗国（南部）的势力范围。19世纪20年代，浩罕势力扩张，整个吉尔吉斯斯坦地区都成为了浩罕汗国的一部分。
俄罗斯帝国时期
1854年，俄国着手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯斯坦地区都落入了俄国的手里。俄国的统治，引发不少反抗，亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，同治年间清朝陕甘地区回民暴乱，失败后的回民北迁至今日楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。
1916年，俄国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯斯坦人从中亚迁徙至新疆。
苏联时期
1922年，苏联成立时归属突厥斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1924年，中亚地区实行民族划界，今日的吉尔吉斯斯坦建立起卡拉吉尔吉斯斯坦自治州，成为俄罗斯联邦的一分子。1925年正名为吉尔吉斯斯坦自治州，到1926年又再升格为吉尔吉斯斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1936年12月5日，吉尔吉斯斯坦苏维埃社会主义共和国正式成立，成为苏联的联邦成员。
独立之后
1990年代初期，由共产党中改革派组成的吉尔吉斯斯坦minzhuyundong（Democratic Movement Kyrgyzstan, DMK）与奥什爆发的族群冲突，造成吉尔吉斯斯坦共产党第一书记阿布萨马特·马萨利耶夫失去人民与议会的信任，各方势力妥协后，吉尔吉斯斯坦科学院的院长阿卡耶夫，在1990年10月直选中以95%高得票率当选独立后的第一任总统。
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