武则天骄横跋扈，高宗苦不堪言。公元664年，李治让上官仪起草废掉武则天的诏书。墨迹未干时被武则天发现，武媚娘立即责问李治什么意思？李治见她怒不可遏柳眉倒竖，立即就把上官仪卖了，他说：“我没有这个意思，都是上官仪的主意。”
武媚娘是个狠角色。时年57岁的上官仪和他的儿子上官庭芝立即被处死，尚在襁褓中的孙女上官婉儿也被发配到宫中做奴婢。
萧淑妃有两个女儿，一个是义阳公主，一个是宣城公主，因为母亲的关系被幽禁起来，三十多岁了还没有出嫁。太子李弘见到姐姐后十分同情，请求母亲放她们出嫁。武则天随便找了两名安保人员做驸马，从此对李弘也不再喜爱。
高宗为李弘迎娶裴居道的女儿做太子妃，裴女非常有妇道，但是武氏不喜欢。上元二年初夏，李弘跟着高宗来到合璧宫，武氏亲自赐酒给他。李弘想不到母亲会害他，就多喝了几杯。临走时也没觉得有什么事，可是回到东宫后肚子便疼痛难忍，没过几天就死了，年仅二十四岁。太子妃裴氏痛失夫君，武则天又经常虐待她，很快也死了。
李弘有三个弟弟，分别是李贤，李哲，李旦，都是武氏亲生。其中李贤最聪明，读书过目不忘，曾被封为雍王，高宗也很爱他。李弘死后，高宗就立李贤为太子。
武氏害死王皇后和萧淑妃后，经常梦到两人披头散发，七窍流血地来向她索命，武氏吓得要死，想换个环境居住。正谏大夫明崇俨懂一些旁门左道，劝武氏迁居到洛阳，说这样能避邪。武氏就和高宗一起来到洛阳。到了洛阳后武氏神清气爽，什么厉鬼都没有了。
武氏跟高宗一住几个月，听说李贤在朝主政得心应手，大臣们都夸他贤明，高宗十分放心。不料武氏却十分后悔立李贤为太子，太子贤明，以后也就没她什么事了。
第二年高宗改年号为永隆，与武氏住在洛阳。明崇俨在返回长安的路上被强盗杀了。武氏怀疑是李贤指使的，于是大力搜索罪证，但找了好长时间都没有找到。武氏把李贤召到洛阳，然后派薛元超、裴炎、高智周三个人去搜查东宫。三人在东宫搜出几百具铠甲作为李贤谋反的证据。他们又利诱赵道生诬告太子，说明崇俨是太子害死的。武氏提出把李贤处死。高宗出面求情，武氏这才废李贤为庶人，然后流放到巴州，改立李哲为太子。
李贤流放巴州时作了一首《黄台瓜词》，词中写道：
种瓜黄台下，
瓜熟子离离，
一摘使瓜好，
再摘使瓜稀，
三摘犹为可，
四摘抱蔓归。
武氏本来就担心李贤谋反，听了这首词之后，越发怀疑李贤怨恨她，于是秘密派将军邱神积赶到巴州，逼李贤自杀。
中宗是高宗的第七个儿子，原名叫李显，后来改名为李哲，哥哥李贤被废后，李哲被立为太子。
不久李治风疾发作，头晕目眩，不能处理国家大事，于是让武则天处理朝政。
高宗年已半百，精力已衰，武氏年龄比高宗还大三四岁，偏她生得丰采异常，望去还是半老佳人，并不象五六十岁形状。
武则天情兴不减，因为高宗没用，武则天已把他看作眼中的钉子。表面上祷祝高宗速痊，背地里却咒他早死，她好另外找人。老天有意成全，高宗的头眩病日甚一日，返都后卧床不起，数日后驾崩。遗诏让太子继位，遇到国家大事，应该听取天后武氏的意见。
李显即位后尊武则天为皇太后，裴炎受遗诏辅政，政事皆取决于武则天。李显重用韦后亲戚，试图组成自己的集团。李显把韦后的父亲韦玄贞由普州参军提拔为豫州刺史，并想要擢升为侍中（宰相职），裴炎立马表示不可。李显大怒道：“我以天下给韦玄贞，也无不可，难道还吝惜一个侍中吗？”裴炎听后报告武则天，武则天对中宗的举动大为恼火。二月，继位才55天的李显被武则天废为庐陵王贬出长安。武则天又立中宗的弟弟李旦做了皇帝，
武则天临朝称制，裁决一切政事。她以李旦的名义改年号为文明，册封正妃刘氏为皇后、长子李成器为皇太子。李旦被软禁在皇宫中不得预闻政事。
这时英国公徐敬业在扬州起兵反对武则天，裴炎趁机请武则天还政于李旦，结果被武则天以谋反的罪名斩首。武则天派三十万大军镇压扬州叛乱，徐敬业兵败被杀。
686年正月，武则天下诏说要还政于皇帝。李旦知道这是母后在试探于他，便数次上表推辞，请求母后继续临朝。武则天顺水推舟“接受”了李旦的请求，依旧临朝称制把持朝政。
688年，武承嗣将一块刻有“圣母临人，永昌帝业”八字的白石献给武则天，声称是在洛水中发现的。武则天大喜，将白石命名为“宝图”（后改称“天授圣图”），又加尊号为圣母神皇。李旦作为皇帝，不但无法阻止，还要随武则天亲临洛水，参加“拜洛受图”大典。
天授元年（690年），侍御史傅游艺率关中百姓九百人上表朝廷，请武则天称帝。百官、宗室、外戚、四夷酋长，乃至僧尼、道士纷纷劝进。李旦迫于形势，也上表请母后称帝，并求赐武姓。是年九月，武则天正式称帝，尊号圣神皇帝，改国号为周，史称武周。李旦被降为皇嗣，赐姓武氏，迁居东宫，一切礼仪皆比照皇太子规格。太子李成器则降称皇孙。自此李旦成为武氏诸王以及酷吏的攻击目标，开始了艰难的皇嗣生涯。
长寿二年（693年），武则天的宠婢韦团儿引诱李旦被拒后怀恨报复，诬告太子妃刘氏、德妃窦氏用巫蛊之术诅咒武则天。武则天将刘妃、窦妃处死埋在宫中。李旦对于妃子的惨死不敢提及，在武则天面前若无其事。韦团儿还想加害李旦，结果遭到告发被处死。
后来李旦又被诬告谋反，武则天命酷吏来俊臣审理。来俊臣对东宫属官刑讯逼供，让他们“招出”李旦谋反的实情。乐工安金藏当众剖腹，表明皇嗣没有谋反。武则天命令来俊臣停止审理。李旦因此而幸免于难。
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