1997年，一位未来的机器人到来了，带来了来自未来的绝望并且保护了现在的希望，一丝能够战胜绝望的希望。芸如，一名来自CN的天才美少女，也正是那位机器人的创造者。
在未来，厄普西隆与焚风反抗军的战争愈演愈烈，为了对抗焚风反抗军的沃克网，于是厄普西隆科研部就研发了属于自己的人工智能——天网，这也是人类灾难的起源。
自天网脱离厄普西隆的掌控时，人类就已经进入了灭亡倒计时。面对来自天网的机械大军沃克网决定使用时间机器改变过去。于是在带来来自未来的警告和灾难后保护了它的创造者并留下了希望的种子。
逸龙轩，芸如的青梅竹马，也是本书的主角，其高超的军事指挥才能被CN高层看重并委以重任。在第三次世界大战中所表现的才能与盟军最为杰出的指挥官（萌指），苏俄的新星将军（奇才）以及尤里最为相信的异教不相上下，
这是尤里对逸龙轩所给出的评价。然而在心灵战争期间发现了苏俄对克什米尔研究基地的进攻后CN高层的不管不顾于是悍然脱离CN加入芸如所组建的焚风反抗军。
逸龙轩其实并不是这方世界的人，只是前生生为孤儿的他对原来的世界并没有太多的留恋，唯一留恋只是自己手机里的碧蓝航线和舰R的诸多后宫，然而随着战争愈演愈烈，也就逐渐淡忘了。
在未来沃克网到来的这一天，芸如和逸龙轩在霓虹的反抗军分部里商讨接下来的战略方针，
但是来自未来天网的攻击到来了，这一天各个阵营的核武器不受控制的发射爆炸，顷刻间人类总人口锐减了五分之三。在未来沃克网的帮助下逸龙轩和芸如成功逃往到位于阿拉斯加希望角的焚风反抗军的总部。这一日被称为审判日。
在天网的进攻下芸如呼吁全人类联合起来共抗天网，在各种困难以及天网的百般阻扰下人类的所有幸存者最终还是联合了起来共同抗击天网。在近10年的抗争下天网似乎发生了变化打算使用尤里之前计划的全球控制计划，
控制所有人类的心灵以此结束这漫长的战争，它重建了在审判日中被摧毁的心灵终结仪并基本上将自己所有兵力、生产设施集中在南极。人类反抗军在发现了这一情报后决定尽快出击破坏心灵终结仪进行最后的决战结束这场旷日持久的战争。在这十年中人类反抗军成功重建悖论引擎并将其完整化。
在进攻南极总基地的过程中一路披荆斩棘，逆流而上最终还是到了巨塔面前，在此过程中牺牲了许多甚至有霓虹最为高尚的武士——友川纪夫，拉丁同盟的顶尖狙击手——莫拉莱斯，苏俄的搞事二人组——库可夫、雷泽若夫。
在最后的关头承载人类所有的希望悖论引擎出现了重大事故——光棱炮全部失效，所有武器系统几乎全部失灵。在悖论引擎上的诸多将士对此感到了浓浓的绝望感。“难道我们所做的一切努力皆为无用功吗？”这是在指挥室其他士兵们的想法。
异教沉默不语，自己离开前往了口袋空间里停放的第三代伊利卡拉空中要塞，她的背影孤寂而又绝决。奇才见此对逸龙轩和萌指说：“我去佩龙旗舰掩护异教。”说罢转身便走。
逸龙轩伸出手想要挽留奇才，但终究没有说出话来。就在此时萌指开口了“逸龙轩后面一切就交给你了，由你来负责将剩下的将士们带回家。”逸龙轩大惊，急忙道“萌指，你要干什么？”
“我们还有一个办法。”
“你是指西格博士的理论吗，可是我们还不知道这能不能行。”
“不管这个方法行不行，我们必须要尝试一下，这是我们最后的希望了。所有人迅速离开悖论引擎，这是命令。”（此时搭配BGM:it’s Happening效果更佳）
“唉，行吧我就在这陪你吧，就让其他英雄们带将士们回家。相信他们会看到明日的曙光。”萌指闻言看向逸龙轩，注视着他的双眼，而后嘴角略微上扬看向了意图控制全人类的巨塔，没有多说什么然后萌指下令悖论引擎全速前进。
逸龙轩对悖论引擎上所有操纵员说：“对不起各位，这一去我们可能要十年，百年甚至千年才能回家了。”其他人虽然没有多说但他们的清澈的眼神表达了他们坚定的心情。
悖论引擎在向巨塔行驶着，左边是奇才的佩龙旗舰，右边是异教的第三代伊利卡拉空中要塞，这两艘要塞掩护着悖论引擎，她们听见了逸龙轩和萌指之间的交谈也明白她们要干什么，
奇才在自己心中说Прощай, лю6имая моя （再见了，我的爱人），异教在自己心中也说了句La revedere, dragostea mea（跟上句同义）。
就在悖论引擎飞到巨塔跟前时，异变突生，天网的最强的终结者TX-1000突然出现在了悖论引擎底下，并激发出巨大的能量破坏了悖论的飞行和时间静止系统使得悖论引擎创向了巨塔，然后弹向一旁的山崖处，逸龙轩就此失去了意识。在远处眺望着战场的芸如将这一切收入眼中后，嘴唇微微张开，流下了鲜红色的血泪。
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