不过，丁日昌赶赴津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了影洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达津需要十左右，也就是，丁日昌是在马新贻遇刺前十就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一——也就是七月二十五日到达了津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当，江宁大雨，马新贻阅射未能成校
第二，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一。
第三下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
此时，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关，：“江苏巡抚丁日昌之子被案，应归马新贻查办，请托不行，致有此变。”还，“闻此言者非臣一人，臣所闻者亦非一人所言，其言时皆相顾叹息，及向根询，则皆畏累不敢尽言。臣思陕西僻在西隅已有所闻，江南必有确实公论，属吏或难兼采，京师相距较近，亦必有所传闻。”连京官都这么，可见“督抚不和”的传言流传很广，绝非一日之功。
丁日昌在马新贻遇刺前离开十分可疑。王家璧为此再次上奏：“此其尤着者，丁日昌本系矫饰倾险人，江南大官员甚多，此事不疑他人，而独指该抚之子，难保尽出无因。或其子妄为而该抚不知，抑或与知而乘其驶赴津，可以使人不疑，均难悬揣。”一针见血地指出丁日昌赶赴津是有意要避开嫌疑。
尽管丁日昌有种种证据，可以证实他确实因公事才离开两江，并非刻意制造不在刺杀马新贻现场的证明，但朝野上下沸沸扬扬，将怀疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚语满飞，丁日昌有一百张嘴也不清。尤其是他到达津后，奴相毕露，更加明目张胆地卖国求荣，比曾国藩有过之而无不及，以致被人称为“丁鬼子”。津人还四处张贴告示，揭露他在江苏巡抚位上种种贪污丑校
丁日昌看到时论的发展对他极为不利，急忙离开津，火速赶回苏州。回去后也是如坐针毡，见到曾国藩始终在京城磨磨蹭蹭不起程，实在按捺不住，上奏请求朝廷敦促两江总督曾国藩尽快到任。
丁日昌是湘军一系的人物，曾是曾国藩的幕府和亲信，他上奏的本意，自然是希望曾国藩来江宁主持刺马案，局面会对自己更加有利。不过这道奏折倒也十分合慈禧太后的心意，立即下旨督促曾国藩起程赴任。
就在丁日昌日夜忧叹的时候，其母突然去世，他需回广东老家丁母忧。朝廷下谕旨免去丁日昌江苏巡抚之职，调漕运总督张之万任江苏巡抚。此时，曾国藩正在回任两江总督的路上。
这一版本除了丁日昌是否刺马主谋尚待商榷外，其他均为真事，顺理成章，是唯一得到了朝廷官方讨论的法，看起来较为可信。尤其曾国藩先是推辞两江总督之位，不愿接手，之后又有意拖延，迟迟不到江宁，态度之暧昧，实在令人起疑。由此一来，“督抚不和”的故事更加蒙上了重重迷雾。
又有传闻，在马新贻被刺前几，江宁府衙门接到一封标明“紧急”、“机密”的公事。封套上还盖着大印，不过印文模糊，看不出来是哪个衙门所发。把门差役接到公事后，不敢怠慢，即刻送交外署的门房。门上接收后先登记在册，再送进位于内署的签押房——这里是马新贻日常办公的处所。马新贻打开公事一看，里面是一张纸，上面别无一字，只画了一匹死马。他醒悟过来后，立即派人赶出去追捕投送公事的人，但来人却已经不知去向。
日复一日，刺马案的头绪也越来越多，盘根错节，牵涉太广。仅以上五种传闻，就牵扯上了回王、湘军、地会、洋教士、陈国瑞、醇亲王以及丁日昌。
从曾国藩的角度看来，五种版本中，“渔色负友”和“私通回匪”如果是真的，将有损马新贻声誉，朝廷和马家人都不会满意，因此无须追查；如果是假的，当然更加不必追查。“为地会复仇”牵扯到了湘军，他也绝对不会追查。“洋教”牵扯到洋教士和醇亲王，情节更是复杂，讳莫如深；他曾国藩一生就败在教案上，沾了洋字的他都要退避三舍；醇亲王不仅是皇叔，还是慈禧太后的妹夫，当然更加动不得。至于“督抚不和”就更加微妙了，如果丁日昌是刺马主谋，那丁日昌为什么要在刺马前一赶到津？他曾国藩不是有极重的同谋嫌疑么？所以，此是最不能追查的。
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