2013年4月以来，巴阿在“杜兰线”（英国殖民者人为划定的阿巴边界，阿方一直不予承认）附近发生交火，在推动阿富汗塔利班参与阿和谈问题上矛盾上升，关系再度趋冷。7月，巴总理国家安全和外交事务顾问阿齐兹访阿，修复巴阿关系，推动卡尔扎伊总统访巴。8月，阿总统卡尔扎伊访巴，同谢里夫总理举行会谈，双方就阿巴关系、阿和解进程、地区局势等交换意见。11月，谢里夫总理访阿。
2014年9月，巴基斯坦总统侯赛因出席阿富汗总统加尼就职典礼。11月，加尼总统访巴。加尼多次表示愿在任内推动巴阿关系改善。2015年5月，巴总理谢里夫访阿。
2015年7月，阿政府与塔利班和谈停滞，阿对巴指责加剧。2017年10月，巴基斯坦陆军参谋长巴杰瓦访问阿富汗，巴阿关系出现积极缓和势头。12月，首次中国-阿富汗-巴基斯坦三方外长对话在北京举行，三方达成一系列共识并发表了新闻公报。
2018年4月，巴总理阿巴西访阿，双方在政治、经济、安全等领域达成许多共识，向外释放改善关系的积极信号。9月，巴外长库雷希访阿，同阿领导人举行会见会谈，双方就改善关系作出积极表态。12月，第二次中国-阿富汗-巴基斯坦三方外长对话在阿富汗喀布尔举行。
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