(八)采取措施帮助印第安人由狩猎生活转向农耕生活。杰斐逊在任期间曾多次写信给印第安人酋长，劝说他们放弃原始的狩猎生活而从事农业生产。在他的反复劝说下，许多印第安部落放弃了传统的狩猎生活而从事农业生产，这对推动印第安人社会的发展，使其跟上时代发展的步伐非常有利。同时，也使大量用于狩猎的土地开垦成为农田，扩大了美国的农田面积，促进了美国农业的发展，农业的发展，又为工业的发展创造了良好的条件。
军事：
海军紧缩政策
杰斐逊执政第一年大幅度削减海军经费，使海军遭受严重打击:到1801年底，美国海军仅有6艘快速战舰和1艘三桅纵帆式帆船，其余舰船都被拆除武器拍卖，所有在建和计划建造的舰只都成为泡影;仅存的6艘快速战舰也只允许配备2/3的额定人员，其余军官全部退役，特工人员和文职人员都被解雇;建造干船坞和港口工事的工作被放弃。杰斐逊紧缩海军的政策遭到海军内部的强烈抵制，以致他先后物色的4位海军部长人选都拒绝出任这一职务。
此后在同北非海盗国家的战争中，美国政府被迫逐渐增加海军经费，使其由1802年的91.5万美元增加到1805年的140万美元。同时，对北非海盗国家的战争却激发了杰斐逊对炮艇的极大兴趣。在北非地中海沿岸的浅水海域中，炮艇发挥了重要作用，欧洲国家和北非海盗国家也拥有此类舰只，用于海岸和港口防御。当时的公众舆论认为，一支由炮艇组成的舰队能够驱走甚至捕获或击毁敌人的快速战舰。在杰斐逊看来，建造一艘炮艇只需要数千美元，这是很划算的。杰斐逊向国会和海军将领及华盛顿造船厂负责人历数了发展炮艇的种种好处，建议建造200艘炮艇。1803年，国会批准建造15艘炮艇，其中8艘被派往地中海服役，1805年又建造了25艘。1806~1807年期间，新造了238艘。这些炮艇每艘长50英尺、装备1门长炮。大量炮艇和海岸要塞的建造，表明了发展炮艇逐渐成为杰斐逊海军政策的核心，联邦党人发展快速战舰的海军政策被彻底放弃。
对外战争
巴巴里海盗，即从15-16世纪之交开始活动于地中海南岸、非洲北部的musilin海盗。他们开始附庸于奥斯曼土耳其帝国，继而以摩洛哥、阿尔及尔、突尼斯、的黎波里等北非国家为基地，打着伊斯兰圣战旗号，在地中海水域大肆捕捉和贩卖基督徒水手。 在华盛顿以及继任的亚当斯政府时期，美国缺乏足够的资金和海军力量，只能采取"购买和平"的方式，避免巴巴里海盗对美国商船的劫掠。
1801年3月13日，即托马斯·杰斐逊就任总统后的第9天，国务卿詹姆斯·麦迪逊收到了的黎波里统治者尤瑟夫·克拉玛尼(Yusuf Karamanli)帕夏的来信，要求美国每年除例行缴纳贡金2.5万美元外，新增保护费22.5万美元，且需立即缴纳，否则就采取战争行动。面对这一挑衅，杰斐逊决定以战争解决困扰美国多年的海盗问题。3月20日，杰斐逊做出派遣一小股军队前往的黎波里水域保护美国船只和公民安全的决策，并得到了国会授权。根据该年末杰斐逊递交国会的国情咨文，美国军舰到达地中海后，美国贸易面临的危险得以解除，"敌船人员伤亡惨重"，而美方"无一损失"。
1802年2月，国会授权总统全权决定是否把海军用于"进攻行动"。1803年2月，国会决定拨款建造4艘适于内河作战的浅水军舰，武器设计用于轰击海岸。到1803年，美国最好的军舰，"阿格斯"号、"切萨皮克"号、"星座"号、"宪法"号、"企业"号、"无畏"号、"费城"号和"妖女"号均驶入地中海，封锁了北非港口，并执行了一系列突袭和攻城的行动。
然而，随着1803年10月底"费城"号在的黎波里附近搁浅以及307名官兵被俘，美国海军在北非的军事行动陷入僵局。1803年下半年，美国外交官威廉·伊顿(William Eaton)开始实施由他策划、得到杰斐逊和麦迪逊同意的推翻尤瑟夫·克拉玛尼帕夏政权、扶植亲美的哈米特·克拉玛尼(Hamet Karamanli)上台的军事政变计划。在哈米特的帮助下，伊顿招募了一支由500余阿拉伯人组成的雇佣军，在美国海军的协助下，于1805年4月攻陷了的黎波里重镇德尔纳。在地中海指挥军事行动的海军准将塞缪尔·巴龙(Samuel Barron)和美国驻阿尔及尔领事托比亚斯·利尔(Tobias Lear)遵循有限战争的方针，决定利用有利的军事形势与帕夏达成和解。面对美国的恩威并施，的黎波里同意和谈，双方于1805年6月4日签署协定。协定共20条，除宣布实现和平、美国支付6万美元以赎回所有被俘船员外，第四、第八和第十四条，分别规定了非交战国的中立权、双方船只自由停泊海港不受侵犯以及公海航行自由等诸多涉及美国核心利益的权利。这被称作第一次巴巴里战争，通过此战，美国基本上获得了在的黎波里水域内自由通商航行的权益，也达到了"敲山震虎"、警告欧洲大国尊重美国海洋权利的国际政治目的。
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