为政举措：
政治
反对总统连任
托马斯·杰斐逊担心总统权力过大会危及三权制衡，他担心总统连任会使民主共和制名存实亡，总统"一旦上了台，掌拥了联邦军权，没有议会的制约，很难把他撵下台，哪怕你能说服人民不投他的票。我但愿总统四年任期满后永远无资格第二次连任。"因此，他反对总统连任，后来做出让步，同意可连选连任，但只能连任一次。1808年他在自己连任总统两届后主动辞退，继华盛顿之后又一个任总统不超过两届的范例。1951年通过的美国宪法第22条修正案使杰斐逊的设想变成现实。
起诉前副总统
副总统伯尔叛国案
美国前副总统阿伦·伯尔野心勃勃，很早就已经有了一个西进计划，企图占领得克萨斯、新墨西哥及西班牙在南美洲的领地，阴谋败露，1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕阿伦·伯尔的公告。1807年，杰斐逊政府以叛国罪起诉伯尔。虽然伯尔被指控叛国，但杰斐逊政府始终没有找到足够的证据。伯尔要求杰斐逊总统出庭，递交一些相关的军事文件。让总统出庭作证，在美国历史上这是第一次。于是，主审的联邦法官约翰·马歇尔给杰斐逊下了传票。马歇尔认为，"在法律的眼中，总统和其他任何美国公民没有差别"。杰斐逊不予理睬。最终，马歇尔指出政府对伯尔的起诉不够磊落，并没有足够的证人证明伯尔曾经出现在策划阴谋叛乱的现场，伯尔被无罪释放。
探索西部
刘易斯与克拉克远征
1803年，美国从法国手中购买了路易斯安那，在加拿大的英国人和还占据着德克萨斯和西南部地区的西班牙人仍在觊觎路易斯安那，而生活在东海岸地区的人们对中西部的地理、环境、水路河道的认识也很有限。因此，为了评估新疆域土地开发的商业价值、区域内动植物的数量种类、道路交通、居民分布等，找到通往太平洋的西北河流通道，杰斐逊总统派遣美军上尉梅里韦瑟·刘易斯和青年军官威廉·克拉克率领探险队向西部探索。这是美国政府组织的19世纪规模最大、时间最长的首次进入北美西部的探索和考察，长达两年零四个月，来回覆盖从密苏里河至哥伦比亚河的7689英里。探险队搜集了美国西部天文、地理的大量一手资料，绘制了西部河流、山脉的地形图;调查了西部太平洋沿岸的印第安部落情况，与沿途的印第安人部落建立起一定的联系，为美国的西进运动做了准备。
经济
托马斯·杰斐逊就任美国总统后，为了改变美国生产力落后，资本主义经济不发达的局面，在经济领城内实行了一系列的改革。主要改革措施如下:
(一)缩减开支，偿还国债。上台伊始，杰斐逊就号召政府官员缩减开支，根除前任约翰 · 亚当斯所提倡的奢侈豪华的作风，并以身作则。杰斐逊是在美国首都华盛顿举行就职仪式的第一位美国总统，当时华盛顾地区尚未开发，到处都是森林和沼泽。杰斐逊和他的随从，步行穿过一片泥泞地，在尚未竣工的国会大厦，举行了简朴而庄严的就职仪式，这与当初亚当斯乘坐6匹骏马拉着的马车，在一派贵族气氛的首都费城举行奢华的就职仪式形成了鲜明的对照。由于实行财政节约，美国政府的开支，自杰斐逊上任的10年内，从8000万美元降低到4500万美元。为了逐步减轻劳动人民的负担，维护公共信贷，杰斐逊决定偿还在独立战争期间和他的两届前任所欠下的一切国家债务。经过其财政部长艾伯特·加勒廷等人的努力，国债从8000万美元缩减至2750万美元，国债的迅速偿付增强了人民对政府的信任，提高了美国在国际上的地位和声誉。
(二)废除国产税。国产税是美国从荷兰承袭来的一种税收制度，就是对自己国内生产的某些商品的出售和消费征收一定的税额，以增加国家收人。美国的国产税，自汉密尔顿任财政部长时开始征收，国产税的征收，不仅不利于美国民族工业发展，也引起了广大农民的强烈不满。当时，美国边疆地区的农民因为交通不便，运输困难，常常把玉米等谷物酿制成浓缩的威士忌酒，常到市场上贩卖。这样，农民也须上缴国产税。国产税的废除，减轻了农民的负担，缓和了政府与农民间的矛盾，也为美国民族工业的发展消除了一个障碍。
(三)大力发展农业的同时，注重发展工商业。杰斐逊执政后，改变了自己早年"完全发展农业"的主张，提出在大力发展农业生产，使农业成为美国社会的经济基础的同时，也要相应地发展工商业，反对英国工业品在美国的倾销，维护美国的民族经济并独立自主地发展资本主义。1801年，杰斐逊在总统就职演说中明确指出，农业、制造业、商业及航运业是使美国走向繁荣的"四根柱子"。因此，他实行了保护关税，提高进口产品的税率等政策，以促进美国制造业的发展，摆脱对英国及其它西欧国家的依赖。
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