在16世纪20年代，墨西哥的瓜纳华托发现银矿，开始大量产出白银，其后又在墨西哥的萨卡特卡斯和秘鲁的波托西发现银矿，美洲的白银输出急剧增加。运载白银的船队往返于大西洋两岸，重新带动西班牙的经济，使其得以进口奢侈品和谷物。白银输出同时也是西班牙哈布斯堡王朝维持其用于进行在欧洲和北非的一系列战争的军事力量的重要财政来源，虽然除了17世纪的少数年份，西班牙本土（特别是卡斯蒂利亚地区）的税收仍然是殖民帝国最重要的收入来源。尽管从17世纪40年代开始，西班牙诸国便经历着军事力量和经济实力的衰退，但是自1580年西班牙诸国和葡萄牙王国形成君合国（1640年重新分离）开始到19世纪其失去美洲殖民地，期间它都是世界上最大的殖民帝国。面对新的挑战以及殖民帝国建立过程中遇到的困难和灾难，西班牙的思想家们在自然法、国家主权、国家法、战争和经济等方面阐述最初的现代思想。在萨拉曼卡学派等的影响下，他们甚至对帝国主义的合法性提出质疑。
西班牙哈布斯堡王朝
西班牙诸国在哈布斯堡王室统治时期达到顶峰，随后又陷入衰退。身兼神圣罗马帝国的皇帝和西班牙诸国的国王查理五世（卡洛斯一世）治理下的西班牙诸国在欧洲的领土达到极限。
由于胡安王子和伊莎贝拉公主先后去世且都没有存活的后代，胡安娜和菲利普夫妇成为双王的继承人。1504年伊莎贝拉一世驾崩，胡安娜和菲利普继位，菲利普称费利佩一世。1506年费利佩一世驾崩，斐迪南成为卡斯蒂利亚摄政，1509年以胡安娜精神失常为由将其关在一家修道院里。1516年斐迪南驾崩，胡安娜继位为亚拉冈女王，胡安娜的长子查理也根据母权继位称共治国王卡洛斯一世，名义上与胡安娜共治，但胡安娜仍然被关在修道院里直到1555年驾崩。1519年，卡洛斯登基为神圣罗马帝国皇帝查理五世。从此西班牙诸国便越来越深地卷入欧洲的王朝斗争之中。
查理五世并不经常待在西班牙，而在其弥留之际，他将哈布斯堡的庞大遗产分为两部分：一部分是西班牙诸国及其在地中海和海外的财产，另一部分是神圣罗马帝国。此外，哈布斯堡在尼德兰的财产仍然归属于西班牙国王。
这次财产划分被证明是对于其继承者费利佩二世的巨大挑战，他在查理五世于1556年退位之后成为西班牙国王。西班牙诸国躲过肆虐于欧洲其他地区的宗教冲突，仍保有罗马天主教的信仰。费利佩二世把他自己当成对抗奥斯曼土耳其和异教徒的天主教斗士。在16世纪60年代，他试图加强对尼德兰的控制，但却导致该地区的动荡不安，并逐渐使加尔文教派掌握主导权，发动反叛运动和八十年战争。这使得西班牙的财政消耗殆尽。其后西班牙诸国又试图征服英格兰——后者是荷兰谨慎的支持者——这导致无敌舰队在英西战争（1585－1604）和法西战争（1590－1598）中的覆灭。
尽管存在着这些问题，但是自16世纪中期开始不断从美洲流入的白银、西班牙步兵的声名和很快地从无敌舰队的覆灭灾难中恢复过来的海军都使得西班牙仍旧保持在欧洲的主导地位。1580年西班牙诸国和葡萄牙王国合并组成伊比利亚联盟，这不仅使半岛得以统一，也将两个殖民帝国的全球资源都整合到哈布斯堡王朝之下。但是，卡斯蒂利亚的经济和行政问题以及本土经济的衰弱在接下来的一个世纪变得日渐明显：高涨的通货膨胀、将犹太人和摩尔人驱逐出西班牙的不良后果以及西班牙对黄金、白银日益增长的依赖性，导致政府的几次破产和由此而起的数次经济危机，这种情况在不堪重负的卡斯蒂利亚地区尤为严重。
西班牙沿海的村庄和巴利阿里群岛时常遭受来自北非的巴巴利海盗的攻击。福门特拉岛上的居民甚至短暂的撤离该岛。后来海盗的侵袭蔓延至西班牙其他沿海地区和意大利沿海地区，海盗从他们的北非巢穴出发只要横渡一片平静的海域很快就能到达这些地区。其中最着名的海盗是土耳其的巴巴罗萨（“红胡子”）。据罗伯特·戴维斯统计，16世纪至19世纪，约有100万到125万欧洲人被北非海盗捕获，并作为奴隶卖至北非和奥斯曼帝国等地。这种情况在西班牙和其他基督教势力开始抑制穆斯lin在地中海的海军力量并取得1571年勒潘多海战的胜利之后才有所缓解，但是海盗问题仍然在接下来的一个世纪里困扰着西班牙。
1596至1602年的塞尔维亚大瘟疫导致约60万－70万人的死亡，约占当时西班牙国内人口的10%。而17世纪的另一场大瘟疫更是导致约100万人死亡。
费利佩二世于1598年去世，其子费利佩三世继承王位。在其统治其间，他与荷兰签订十年停战协定，但是随后又卷入欧洲范围的三十年战争之中。这时的政府政策受到君主的个人喜好而左右。不过这个时期也出现如格雷考和塞万提斯这样的天才人物。
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