1939年8月，希特勒政府同苏联签署《苏德互不侵犯条约》，划分双方在东欧的势力范围。条约签署后，1939年9月1日德国对波兰展开入侵，第二次世界大战就此展开。作为回应，英、法亦对德国宣战。1940年春，德国攻克丹麦及挪威、荷兰、比利时、卢森堡和法国，并在德军近乎占领法国全境后迫使其签订停战协定。同年，英国抵御德国的空中攻势。1941年，德国入侵南斯拉夫、希腊及苏联。至1942年，德国及其他轴心国占领欧洲和北非大部分地区，但1943年斯大林格勒战役苏联获胜，盟军夺回北非并入侵意大利，德国连续遭遇失败。1944年6月，西方盟军在法国登陆，法国复国，并且加入反击德国的行动。苏联向东欧推进；年末，西方盟军已进入德国境内，德军最后一次反攻未果。在希特勒于柏林战役中自杀身亡后，1945年5月8日，美、英、法、苏攻入柏林，德国投降，第二次世界大战欧洲战场终结。
在日后称犹太人大屠杀中，纳粹对少数族裔进行迫害，并通过集中营和灭绝营对其所称劣等种族进行种族灭绝。超过1000万平民被系统性杀害，包括600万犹太人、22万至150万罗姆人、27.5万身心障碍者、数千耶和华见证人、数千同性恋者及成千上万政治和宗教异见者。在占领区内的政策导致270万波兰人、130万乌克兰人、及近280万苏联战俘死亡。德国约有320万至530万士兵阵亡，近200万平民死亡。前东部领土的损失导致近1200万德意志裔人被东欧驱逐。其战前领土损失近四分之一。战略轰炸及地面战事导致许多城市及文化遗产被摧毁。第二次世界大战后，前纳粹政权参与者于纽伦堡审判中接受战争罪审判。
东西德分裂时期
德国投降后，德国领土及柏林由同盟国中的四强美、英、法、苏分区占领，这些地区接受650万名来自东部领土的德意志人。1949年5月23日，法国、英国及美国占领区合并，成立德意志联邦共和国，1949年10月7日，苏联占领区成立德意志民主共和国，一般也以西德及东德称之。东德首都设于柏林，西德将波恩设为临时首都，以强调两国分治仅为暂时性的现状。
西德为议会民主制共和国，采行“社会市场经济”。自1948年起，西德成为马歇尔计划的主要受援国之一，通过援助重建其工业基础。1949年康拉德·阿登纳当选为首任联邦总理，并任至1963年。在他和路德维希·艾哈德领导之下，西德自1950年代起经历长期的经济增长，被称为经济奇迹。1955年西德加入北大西洋公约组织，并为1957年欧洲经济共同体创始国。
东德为一东方集团国家，苏联通过其军力和华沙条约组织在政治和军事上对其进行控制。虽然其名义上为民主国家，政治权力仅由德国统一社会党高官（政治局成员）行使，并由控制社会诸多领域的秘密机构斯塔西支持。民主德国采行苏联式统治经济，后成为经济互助委员会成员国。虽然东德官方对其社会政策进行大规模宣传，并鼓吹西德入侵威胁，诸多东德公民仍然向往西德的政治自由及经济繁荣。1961年建成的柏林墙旨在阻止东德人逃亡西德，成为冷战的象征之一。在此罗纳德·里根于1987年6月12日发表《推倒这堵墙！》演说，与约翰·肯尼迪于1963年6月26日的《我是柏林人》演讲相应合。1989年柏林墙倒塌成为共产主义垮台、两德统一和东德转型的象征
东、西德间的紧张关系在西德总理维利·勃兰特于1970年代初期通过东方政策稍获缓解。1989年夏，匈牙利放弃铁幕并开放边界，数千名东德国民经匈牙利成功进入西德，事件也对东德造成冲击，大型抗议活动获得更多支持。东德当局放松边境限制，使东德居民能自由前往西德旅游，以维持东德的国家地位，而实际上此举加速了转向改革的进程。1990年9月12日，四个占领国签署《最终解决德国问题条约》，放弃其在投降书中获得的权力，德国重获完整主权。由此1990年10月3日两德统一，前东德五个联邦州重新建立并加入德国。
两德统一与欧盟
两德统一以来的德国被认为是西德的扩大延续而非改朝换代，由此其获得西德在所有国际组织中的成员资格。根据1994年《柏林-波恩法案》，柏林重新成为统一德国首都，而波恩则获得“联邦城市”（Bundesstadt）这一独有地位，保有一些联邦机关。政府迁移于1999年全部完成。1998年选举（英语：German federal election, 1998）后德国社会民主党政治家格哈特·施罗德当选首位红绿联盟德国总理，与联盟90/绿党共同组建政府。
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