1271年，蒙古帝国大汗忽必烈改国号为元。元朝建立后，忽必烈多次遣使到蒲甘国招降，蒲甘国王不理会。1277年，元兵进攻八莫，因气候炎热退兵，而后元兵又多次进攻蒲甘国。1279年，元朝灭南宋，统一中国，国力大增。1283年，元军自云南地区进攻蒲甘国，1287年，蒲甘城破，那罗梯诃波帝向元朝投降，缅甸北部成为元朝的缅中行省（1286年－1290年），后缅中行省撤消，忽必烈以其处云南极边，立其酋长为帅，令3年一次入贡??，在缅国设立宣慰司、军民府以及驿站。
元朝败蒲甘国后，其疆土就开始分裂。掸族乘机发展势力，1368年于缅甸东部阿瓦建立阿瓦王国。而孟族在缅甸南部建都马达班，1369年迁都勃固，建立勃固王国。这2个王国建立后南北交战，缅甸境内四分五裂，各王邦部落或臣服于元明两朝??，或俯首于暹罗，延绵250余年，直到16世纪30年代中国明朝万历年间。
勃固王朝
（1287年-1531年）
瓦里鲁趁蒲甘王国的衰败，称霸下缅甸。1298年向中国称臣。瓦里鲁时期，缅甸出现了最古的法典——《瓦里鲁法典》。后来瓦里鲁被他的几个外孙刺杀，众大臣清除了这些叛乱者，瓦里鲁的弟弟继位。这一时期孟族向外征讨清迈，获得蓝本村等地。国中政局不稳，土匪猖獗，甚至有王子被掸族移民刺杀的事情发生。
1353年，彬尼亚乌继位，景迈入侵直通县等地，经过3年苦战终于击退强敌。1362年修建了瑞德宫宝塔。一次频耶宇狩猎，时其亲属竟发动叛乱，自立为王，彬尼亚乌欲联景迈军进攻，1369年他倚重的一个大臣病故，只好迁居勃固。彬尼亚乌晚年，宫廷政变频仍，国内战事不断。
1385年，亚扎底律得到勃固人的拥戴，成为新王。初时缅人的压力尚不大，亚扎底律派七百人征服了仙道卫。1390年，亚扎底律的统治达到顶点，不但打退北缅军队，亦成功镇压各方叛乱。但此后走向衰落。虽然1414年打败阿瓦军，但北方掸族、缅族大军压境，南方民族亦频频出击。
阿瓦王朝
1364年12月，德多明帕耶建阿瓦城作为首都，阿瓦王朝正式建立，向中国称臣。1371—1372年间，阿瓦击退了掸人的入侵。1373年，若开归附于阿瓦，直到1385年。1386年，孟国的渺米亚侯劳皮亚背叛其新国王亚扎底律，归附阿瓦，由此引发了四十年战争。
明康王时期，四十年战争进入白热化阶段，缅军甚至一度逼近孟国首都汉达瓦底，吞并了孟国三分之二的国土，但是自缅太子明耶觉苏瓦于1416年战死后，阿瓦势力大衰。1431年，若开的那腊梅腊驱逐缅人、孟人建立了独立的若开王国。
1439年，孟瑞王即位后曾协助明朝征服征讨麓川，并控制孟养、格礼。温多王即位后，继续协助明朝打击麓川，之后又帮助麓川思氏父子反抗明朝。温多王时期，阿瓦平定了东吁、东敦等叛乱，又击败了北方的强敌木掸，国力较为强盛。1480年，明康第二即位，木掸在思陆的领导下开始强盛，而卑谬、东吁地区相继叛乱，阿瓦疲于应付。1501年，明康第二去世，次子瑞南觉欣即位，北方的木掸、南方的卑谬、东吁开始发难，最终在1526年，木掸王色隆法攻克阿瓦，缅人王国灭亡。
东吁王朝
在东吁王朝建立之初，缅甸仍处于分裂时期，但缅甸内部已经出现了几个较大的各自为政的政治实体，主要有：“以阿瓦为首都的上缅甸-阿瓦王国；以白古为首都的下缅甸-白古王国；以谬汉为都城的阿拉干王国；东吁王国。”
1539年，莽瑞体率军吞并缅甸南部富庶的白古王国，并向更远的地区进兵，发动了“良兆之战、马都八之战、卑谬之役、七国之战、远征阿拉干”等军事行动征服各个割据政权。在1550年之前，东吁王朝基本实现了缅甸中部和南部的统一。
在1550年莽瑞体被弑后，缅甸的割据势力重新抬头，各地封建主开始拥兵自重，各自为王。莽应龙在1551年继任后，在政治上分化叛乱的封建主，在军事上利用西方人的势力，东吁王朝清除了内部的分裂势力，并占领了掸族控制的地区，实现了缅甸历史上的第二次统一。东吁王朝的兴起不仅结束了缅甸两百多年的分裂局面，也使缅人为主体的封建王朝再次控制了整个缅甸。
莽应龙在位时利用掸人上层对当地民族进行统治，正式建立了土司制度，完成了缅甸的第二次统一。??为发展政治、经济、文化采取了一系列措施，政绩卓着。??统一后的东吁王朝开始对外用兵，侵入暹罗腹地，吞并各掸邦土司地并进犯中国西南边疆地区。?1583年初，明廷开始重整西南边防，反击侵略。??明军于1583年至1584年（万历十一年至十二年）在边境地区进行了反击，明军陆续收复被缅军侵夺的全部领土，收降了投缅的岳凤，并重新夺得孟养、木邦、陇川、孟密地边地土司地区的控制权??。
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