1992年12月，杜尚别市自卫队和吉萨尔民兵发生激烈的武装冲突。
1994年2月16日，联合国驻塔吉克斯坦代表处正式成立，其任务是监督塔吉克斯坦的军事政治形势，但不能干预该国内政。
1997年，根据谈判的结果，塔吉克斯坦重新进行权力组合，解散反对派的武装组织，对从事过内战和政治对抗的人实行大赦，保证难民返回家园和解除对政治活动的限制。
1998年7月，4名联合国驻塔吉克斯坦观察团成员在执行例行巡逻任务时，遭不明身份的武装分子袭击身亡。
1998年1月，反对派一度宣布暂时退出民族和解委员会，原因是政府在落实双方的协定方面未采取任何行动。2月，拉赫莫诺夫任命了反对派的一些成员为内阁部长。2000年3月31日，历时两年半的塔吉克斯坦民族和解委员会在该国顺利举行总统大选后结束历史使命，并宣布停止活动。
地理环境：
区域位置
塔吉克斯坦是位于中亚东南部的内陆国家（北纬36°40’至41°05’，东经67°31’至75°14’之间），国土面积14.31万平方公里。境内多山，约占国土面积的93%，有“高山国”之称。其东部、东南部与中国新疆接壤（边境线430公里，首都杜尚别距离中国边境口岸1009公里），南部与阿富汗交界（边境线1030公里，首都杜尚别距离阿富汗边境185公里），西部与乌兹别克斯坦毗邻（边境线910公里，首都杜尚别距离西部乌兹别克斯坦口岸70公里），北部与吉尔吉斯斯坦相连（边境线630公里，首都杜尚别距离边境城市卡拉梅克368公里）。
地形地貌
地处山区，境内山地和高原占90%，其中约一半在海拔3000米以上，有“高山国”之称。??山区占总面积的93%。一半以上的地区海拔高于3000米，只有不足7%的可耕地。帕米尔高原的伊斯梅尔·索莫尼峰是全国最高点，海拔为7495米。群山上那些冰川和积雪融化时，形成了条条奔腾不息的河流。北部山脉属天山山系，中部属吉萨尔－阿尔泰山系，东南部为冰雪覆盖的帕米尔高原，最高的为共产主义峰，海拔为7495米。北部是费尔干纳盆地的西缘，西南部有瓦赫什谷地、吉萨尔谷地和喷赤谷地等。
水文
大部分河流属咸海水系，主要有锡尔河、阿姆河、泽拉夫尚河、瓦赫什河和菲尔尼甘河等。水力资源可观。湖泊多分布在帕米尔高原。喀拉湖最大，为盐湖，海拔3965米。
气候
塔吉克斯坦全境属典型的大陆性气候，春、冬两季雨雪较多；夏、秋季节干燥少雨，年降水量月150-250毫米。高山区随海拔高度增加大陆性气候加剧，南北温差较大。全境属典型的大陆性气候，1月平均气温－2℃～2℃；7月平均气温为23℃～30℃。年降水量150～250毫米。帕米尔山西部终年积雪，形成巨大的冰河。
领土争议：
参见：帕米尔高原
在清朝全盛时期，帕米尔高原全境属于清朝所管辖，1890年间，俄英两国签定英俄协定，由英国取得瓦罕帕米尔，俄国取得北部。目前除东部倾斜坡仍为中国大陆所管辖外，大部分属于塔吉克斯坦，只有瓦罕帕米尔属于阿富汗。中华民国成立以后，因处于战乱时期，帕米尔高原始终无法有效统治。但中华民国政府始终将帕米尔高原西边的喷赤河视为是中国的极西点。
在1960年代中华人民共和国与阿富汗签订边界条约，正式承认放弃瓦罕帕米尔。1990年代塔吉克斯坦独立，在签订条约时也承认放弃帕米尔北境，中国极西点向东移至今日位置。
中国和塔吉克斯坦于2010年4月27日签订的《中华人民共和国和塔吉克斯坦共和国政府关于中塔国界线的勘界议定书》，塔方实际控制下的1158平方公里土地划归中方。2011年1月，为解决和中华人民共和国之间的领土纠纷，塔吉克斯坦议会投票支持划给中华人民共和国1千平方公里的土地，只占有争议土地面积的3%稍多一点。
塔吉克斯坦外交部长扎里菲把这次土地转让称为是塔吉克斯坦的一次外交胜利，因为中国早期宣称对2万8千平方公里的塔吉克斯坦领土拥有主权。不过，塔吉克斯坦的反对派领导人则对此有不同看法，称这个举动并不符合宪法，而且这本来就是塔吉克斯坦控制的土地。
2011年9月20日，中华人民共和国和塔吉克斯坦共和国边防部队代表在帕米尔高原中方第75号界桩处举行中塔新划定国界交接仪式。
塔吉克斯坦与吉尔吉斯斯坦也历来存在边界争议。苏联瓦解，两国争议台面化，双方970公里的边界至今只有504公里划定，尚有70处地段存有争议，双方边境冲突不断。2022年3月10日双方边防部队交火，塔吉克斯坦媒体声称是吉方巡逻队入侵并要求塔军后撤，塔军拒绝后爆发枪战，造成塔军1人死亡，2人受伤事件。
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