明弘光十二年、西历1656年九月二十三日上午辰时（09:00）前后，荷军第3舰队开始轰击龙牙门海岸炮台、巴淡岛炮台----由于荷军第3舰队舰船实在太多了，所以，荷军只动用了22艘22~28炮的荷兰武装商船对龙牙门方向实施炮击，另用20艘同等级别的荷兰武装商船对巴淡岛炮台实施炮击，至于其余34艘专业海军战舰和21艘荷兰武装商船只置于龙牙门-巴淡岛-坦宾岛之间海域，静候郑家水师主力----面对敌军优势炮火，郑军海岸炮兵予以了最大程度的反击，但两地炮台总计28门大炮又如何是荷军400余门大炮的对手，因此，在经过一天的炮战，郑家在两地的炮台，相继被对手打哑壳了。
九月二十五日，荷军陆师开到柔佛城下，随即其中8000人很快包围了柔佛城，而另外人则开抵至柔佛水道边，等待荷军运输船将其等运输至龙牙门岛上。
为了阻止荷军运输船将柔佛方向陆军运往咫尺之遥的龙牙门岛，埋伏在柔佛水道中的郑家水师大举出击，以17艘广东米艇、12艘大赶缯船、4艘中赶缯船、7艘三十二桨船、8艘八桨船向荷军出动的21艘阿拉伯桨帆船、12艘东非穆泰普船(mtepe)、8艘锡兰yatradhoni船、11艘中式戎克船、27艘船载大交通艇、50艘中型交通艇发起了猛烈的炮击和血腥的接舷战，一举击沉击毁了对手各型船艇40余艘、俘虏了另外10艘，并迫使其他荷兰船艇不得不仓皇的逃出柔佛海峡。
荷军运输船艇第一次进入柔佛海峡运输己方陆军的行动失败后，注意到柔佛海峡中有郑家守备船队的荷军指挥官立刻调动已经空闲下来的16艘武装商船，从海峡两端入口驶入海峡，籍此合围郑家近海船队，一举消除郑家近海船队对荷军登陆船艇的威胁。
但郑家船队利用柔佛海峡极其狭窄----尤其是合适千吨以上级大船行驶的深航水道非常狭窄----的特点以及己方船小吃水浅的优势，果断的对荷军武装商船队发起决死进攻。
经过一番异常激烈的炮战、接舷战后，郑家水师这才以己方损失过半的代价，击毁、烧毁荷军武装商船4艘、迫使荷军编队又一次逃出了柔佛水道。
不过实力雄厚的荷军显然对此次失败还不至于，所以，九月二十六日、九月二十七日，荷军又两次派遣十艘以上规模的武装商船编入冲入柔佛海峡与郑家船队作战；最终以本伤人的荷军以又损失了4艘、重创1艘武装商船的代价兑光了郑家在柔佛水道隐藏的全部近海战船----打到最后，郑家已经把俘虏的荷军运输船都用上了，但在敌众我寡的情况下，最终损失殆尽----为己方登陆船团扫清了障碍。
从九月二十八日起，囤积在柔佛海峡边的荷军陆师主力开始登陆龙牙门岛；而就在荷军陆师登陆龙牙门岛的同时，荷军另外一支陆师开始了向柔佛城的总攻。
由于郑家在接手柔佛城后，增设了不少防御设施和炮位，所以，荷军不敢贸然进攻，就只能以攻击欧洲棱堡的方式----先挖掘壕沟，再动用攻城炮攻击城墙----进攻柔佛城。
对于荷军的攻击方式，守备柔佛城的郑芝虎根本看不懂，甚至还一度以为荷军的目的仅是封锁柔佛城，于是便兴高采烈地的坐视了对手在柔佛城外挖掘壕沟的行动，满心欢喜的给了荷军2天挖掘壕沟布设攻城炮的时间。
等到荷军攻城炮开火了，郑芝虎才觉察到了不妙，但为时已晚，守军根本没办法顶着荷军的枪弹出城夺取敌军攻城炮、破坏敌军炮兵阵地，因此，郑芝虎就只能将错就错的依托柔佛城破损的城墙，与荷军打一场血腥的守城战了。
当然，九月二十八日当天，荷军的炮火还没有摧毁柔佛城的城墙，要到三天后，荷军才轰垮城墙，然后展开了真正的进攻；所以，所谓的血战，其实是后话了。
按下还没有发生的柔佛攻城战，水师这边，已经从逃来的运输船口中知道第2舰队惨败消息----但不清楚第2舰队是怎么败的----的威特·德·威斯海军中将，非常急切的想要与明军水师打一场决定性的海战，可眼下明军水师和郑家水师主力都避战不出，这就让海军中将心中充满了不安。
所以，为了逼迫明军水师与郑家水师主力出击，威特·德·威斯将军一番斟酌后，做出了调动第3舰队主力进攻新南安港的决定。
九月二十九日，荷军第3舰队兵锋三路，北路24艘武装商船自坦宾岛与巴淡岛之间水道冲入新南安湾，然后开到新南安港向郑家水师留驻部队发起了进攻；南路荷军30艘武装商船则绕经坦宾岛东-东南海域，从新南安湾南部冲入，协同荷军北路分队扫荡新南安湾中的郑家水师；至于荷军最后一支分队，则以全部34艘专业战舰组成，留滞于坦宾岛东部海域，以静待郑家水师和明军水师来援。
二十九日上午卯正（08:00）前后，荷军北路分队首先冲入巴淡岛东部水道，然后一路摧毁郑家设置在水道沿线的几处小型炮台，最终于当日午阵前后（12:00）冲入新南安湾内，并立刻与一早就接到通报的郑家米艇和大赶缯船部队展开了激战。
战斗伊始，郑家依靠设置在海湾内各岛上的炮台配合，打得还有声有色----是役，郑家投入了剩余30艘米艇中的22艘、剩余18艘大赶缯船中的12艘，另外还有2艘中赶缯船、2艘三十二桨船参战，总计装备各型火炮336门，再加上有海湾内各炮台说装备的19门大口径岸炮助战，因此并不逊色有着550多门火炮的对手太多，双方还能有来有往的进行炮战，并且郑家水师也颇为骁勇，极力与荷兰舰船展开接舷作战，给予了对手一定的杀伤----但随着荷军南路分队名下的30艘武装商船于当日下午未末申初（15:00）时分冲入新南安湾南口，战局便发生了陡然变化。