在一天一夜的追击中，明军软帆船舰队先后击毁4艘欧洲战舰及武装商船，并俘虏了另外3艘，仅有1艘法国船、1艘库尔兰船及1艘荷兰信报船侥幸从巽他海峡方向夺路而逃，然后一口气跑回了科伦坡----第2舰队其实还有2艘在突破巽他海峡时受到重创的武装商船提起返航了，但这2艘船因为不能高速航行的缘故，所以，反而比后续3艘更晚抵达科伦坡港----向荷兰殖民当局通报了第2舰队完蛋的噩耗。
按下成功逃跑的几艘欧洲船不说，九月十七日清晨时分，各路追击的明军舰船返回战场，协同留守部队对尝试恢复帆装未果的剩余荷舰发起了最后的进攻。
毫无还手之力的荷军第2舰队在又损毁了4艘武装商船、自沉2艘专业军舰后，被迫向数量远少于自己的明军软帆船队挂出投降白旗。
见到荷军第2舰队残余的舰船悉数投降了，潘龙和便命令以明军第一批次和第三批次建造的6艘软帆船押解投降荷舰前往新邾港（直落巴塘）解除武装；而剩余的12艘明军软帆船扬帆南下，直扑椰城港口，准备对目前停泊在椰城港口附近的81艘荷舰运输船、信报船实施毁灭性打击。
不过等12艘明军软帆船冲到椰城港口时，却发现荷军运输船似乎接到了第2舰队战败的消息，已经仓皇的逃离了椰城港口，甚至，为了逃跑，这些荷军运输船连岸上的荷兰陆军都没有通知，就那么头也不回的跑掉了。
潘龙和见状与参谋人员简单讨论了一下，便判定荷军运输船应该也是往巽他海峡方向逃走的，于是，明军软帆船队便向巽他海峡一线展开了追击，结果真的被明军追上并俘虏了其中的43艘运输船。
至于另外40艘荷军运输船中有6艘船比较大胆，在通过巽他海峡后没有向锡兰方向逃跑，而是先沿着爪哇南部海岸线向东行驶至拉图皇后湾（pbuhanratu bay）停泊了一段后再西行回逃，从而逃过了明军软帆船队的追击，顺利回到了锡兰，不过其中有4艘船没有返回科伦坡，而是直接回了印度老家。
剩下的36艘荷军运输船要么没有选择从巽他海峡突破，而是冒险走了苏门答腊东北-北部海域逃亡马六甲，要么直接从爪哇北部海岸东进，奔帝汶岛方向的第1舰队而去，所以都未被明军软帆船队抓捕。
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然而，这36艘荷军运输船也并没有全部逃出生天，这不，从苏门答腊东北-北部沿海逃向马六甲海峡的26艘船中，有15艘为郑家布置在林加岛周边的近海巡逻船所拦截俘获，有2艘误打误撞后进入了穆西河，被控制巨港及周边地区的淮藩兵马俘虏，只有9艘成功与荷军第3舰队实施了汇合，并把第2舰队失利的消息传递给了对方；而从爪哇岛北部海岸线东进的10艘船虽然侥幸与荷军第1舰队实施了汇合，但在后续作战中，却遭遇了明军赶来的淮丙船队，一样损失极大······
姑且先不说这与荷军第1舰队会师的10艘荷军运输船的下场，这边，潘龙和又委派6艘明军软帆船押解着43艘被俘荷军运输船前往新邾港，而他自己带着剩下的6艘软帆船，大摇大摆的回到了椰城外海，向还不知道还没有从己方海军消失的困惑中清醒过来的荷军陆师实施了远距离炮击。
被打了招呼的荷兰陆师这才明白己方第2舰队已经失利了，自己也被抛弃在了爪哇岛上；于是乎，关于接下来己方该怎么办，荷军陆师内部产生了巨大分歧。
包围椰城的荷军陆师一共有7000人，扣除晕船引起的伤病，能战的还有6700多人，所以，荷军指挥官认为完全可以凭借这些兵力夺取巴达维亚，然后据城死守，等待第3舰队的救援。
但关键的问题是，这7000荷军实际是由3部分组成的，第一部分是荷兰人从德意志地区雇募的雇佣兵，大约3500人，第二部分是荷兰人的非洲黑奴仆从军，大约1000人，第三部分2500人是荷兰人在锡兰和印度雇募的当地武装，就战力来说，也就是德意志雇佣兵比较能打，其余的就只能作为辅军使用----其实黑奴兵和印度兵中也有少量能打的，但数量太少了，加起来也不超过500人----所以，谁来强攻椰城就有了问题。
很明显，黑奴和印度兵或可以将来负责治安战，但眼下强攻巴达维亚却是都是用不上的，就只能3500德意志雇佣兵来承担攻城的任务。
可3500德意志雇佣兵能不能拿下经过棱堡改造的椰城呢？这谁也不能保证的！就算拿下了，损失会不会很大呢？各自德意志雇佣兵团队又愿不愿承担那么大的伤亡呢？毕竟，人家是来赚钱的，而不是来送人头的。
所以，面对德意志雇佣兵方面的巨大不满，荷兰指挥官一度产生了动摇，只是荷兰指挥官并不想未战先降----关键是荷兰指挥官认定了荷军第3舰队会在顺利的完成对马六甲、龙牙门等地的攻占，并不想在同僚立功建业的时候，自己却成为了失败者----所以，经过再三考虑后，还是坚定的要求德意志雇佣兵们单独发起进攻。
德意志雇佣兵实际靠的是勤勤恳恳的服务态度吃饭的，所以在荷兰指挥官表示可以提高雇佣费用的情况下，最终还是保证了自己的职业道德，决议拿人钱财与人消灾；就这样，荷军转移到了明军舰上炮火无法投送的椰城南部，然后就地发起了对椰城的猛攻。
虽然荷军从椰城北东西三面转移到明军水师炮火覆盖不到的城南后，横海都司已经与海上明军舰队取得了联系，不再是孤军奋战，对于提振守军军心非常有好处，但潘龙和舰队本身却不能在椰城外海久留，需要回返新邾港与其余舰队混编，并随时加入马六甲方向作战。
因此，在潘龙和舰队在与椰城实现联系后的第二天，便悄然远去了，就只留下几艘淮丁信报船还在椰城近海游弋，以为安抚椰城民心军心······