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自然，要切实落实的不仅仅兵马来源和分配，更关键的是彻底废止卫所和军籍，但这就又涉及到了另外一个重大的问题，那就是五年后、十年后的后续兵源怎么解决！
因为之前朱由崧跟张缙彦曾经谈过此事，所以，张缙彦一脸严肃的进言道：“陛下明鉴，兵制变动事小，但关系到是否取消口赋劳役、更定现有田亩税制以及士绅优待，非改制前兵部一家能做到的！”
朱由崧之前跟王应熊、张缙彦等人说将三饷永久归并入田赋、废除口赋劳役、调整士绅优待这些事就是为了让他们几人能提早向南京传消息打招呼，所以，现在张缙彦一下子把话给挑明了，在场的内阁大学士、各部尚书、侍郎却是一个个都不动声色，显然是事先知情的；至于六科都给事中这边，也没有骚动的样子，因此也是多少知道这件事的！
朱由崧笑了起来：“后续兵怎么来以及兵役改革，都是以后的事情，可以放在官制更定后慢慢来确定，卿和兵部先把军改的事情落实了吧！”
张缙彦既然挑了头，自然不会坏人做到底，所以，便应道：“臣领旨，这就先办了撤销卫所、军籍，分设内镇边军诸事！”
朱由崧叮嘱道：“兵部要抓紧一点，最好明年，最迟后年，一定要把除了云贵及狭西以外的军改落实了。”
之所以排除陕西，是因为陕西战事还没有结束；之所以排除云贵，则是大西军那边也没有定局；至于军改中涉及京营部队，也不是不用兵部考虑的，御马监会负责做好了。
张缙彦应道：“兵部明白该怎么做的！”
张缙彦退到一边后，朱由崧似乎犹豫了一会，这才说道：“北京既然光复了，诸卿家以为，朝廷是否要迁回北京去呢？”
朱由崧的话立刻引起了与会者的巨大分裂，是的，籍贯在南方的官员自然不希望朝廷回到北京去，所以便用北地残破、漕河淤塞导致漕运代价巨大等理由反对北迁，籍贯在北方的官员却以顺天府系边防重点，朝廷在南方调度不灵等说辞，坚持主张北迁；还有部分籍贯在南方的官员因为利益所在，却支持朝廷北迁的----譬如工部左侍郎何吾驺就觉得北迁后需要大兴土木，对工部极其有利，所以支持北迁----也有部分籍贯在北方的官员因为趋炎附势及党同伐异的原因，反对朝廷北迁。
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总之，此时此刻，在乾清宫里出现了互不相让的两大对立意见。
马士英见状，便出列探问道：“陛下的意思是？”
朱由崧伸手揉了揉眉心：“朕也无法明确北迁的利弊，所以，才会征求诸卿的意见！”
朱由崧拿不到主意，其他与会者又产生了深刻的对立，所以，马士英便提议道：“陛下，迁都之事事关重大，当广泛于朝廷内外进行讨论才是！”
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朱由崧便道：“那就由内阁发文，征询百官意见吧！”
说到这，朱由崧吩咐道：“马士英、孙传庭、张国维、王灿成留下，其余各卿可以告退了！卢九德也留下！”
大学士王铎、司礼监第一秉笔李谙以下内外各臣听罢，当即拜退，等王铎他们离开了，朱由崧起身到后面换了衣服、上了厕所，然后去到了地方略小一些的偏殿坐下，这才让内侍把马士英几人叫了进来。
待几人走进偏殿后，朱由崧一边喝水一边说道：“熙宁变法前搞了个制置三司条例司来推行改革，朕也算是如法效仿，且建一个军机处来完成对六部五寺的改造。”
马士英敏锐的觉察到了什么，便向朱由崧询问道：“陛下，军机处未来会长久存在吗？”
朱由崧想了想，答道：“待官制更定后，便会取消，所以卿等可以放心，朕不会用军机处架空内阁的。”
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朱由崧不需要只会磕头的大臣，所以他不会用军机处来取代内阁。
马士英松了口气：“陛下圣明！”
朱由崧笑了笑，冲着内侍吩咐道：“赐马先生、孙先生、张卿坐！”
马士英、孙传庭、张国维三人谢恩后坐下。
朱由崧又喝了口水，这才往下说道：“马先生是内阁首辅，事务繁重，军机处的事务不会参与很多，内阁这边就由孙先生作为主要参与者，张卿是代表吏部、王灿成是代表吏科，诸卿要精诚合作，才能快速的推进官制改革，而官制改革完成的越快，那么对朝局的冲击就越小，越方便稳定局势和人心！”
四人齐声应道：“臣等明白该怎么做的！”
“当然，军机处不仅仅是你们四人在运作，翰林院要加进来、吏科整体也要加进来！朕之前说得改制后的詹事府也要参与进来！”
马士英听明白了：“陛下的意思是，第一个要改制的是詹事府！”
“没错，”朱由崧点点头。“当然，翰林院也要根据朕说的意思动一动。”
翰林院的中高层都升了品阶，自然人也要换一圈了。
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“另外，翰林院也好、詹事府也罢，都是提供参考意见的，你们可以听，可以不听。”这里说的你们，实际是朱由崧本人，毕竟，最终决策者只能是朱由崧本人，而军机处这边只是提供初步草案罢了。“还有就是，为了尽快推进官制改革，卿等应该先易后难。”
朱由崧举例道：“大理寺、刑部这两者，朕之前虽然已经裁定了各自权限，但依旧分的不是很明确，譬如朕以为刑部应该负责捕盗、刑狱、修订律法、管理讼师等事务，并且不宜再按布政司数目设置清吏司，籍此分别负责各省刑名事务，或可合并设立捕盗清吏司、刑狱清吏司、律政清吏司等，另外还应该设立管理部务的司务厅、管理档案的档案房、负责刑部官员培训的教育处、负责与各部尤其是与户部联系的交际处等等，具体的名目和负责事项由军机处来定，但记住，宜细不宜粗······”
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