在明军炮火的攻击下，登州城内的叛军坚持到了崇祯六年，此时，登州城里的物资开始出现紧缺了----是的，尽管福海号每个月都会安排三条船来登州交易，但对于登州城内的叛军来说，福海号送来的这点粮食实际是杯水车薪的；而更致命的是，经过数月的准备，明军舟船部队也已经准备完毕，开始封锁登州外海了，这就让福海号不得不终止了与叛军的贸易，让叛军彻底陷入外援断绝的境地----于是乎，当年二月十三日，眼见得大势已去的孔有德便带着妻儿及部分亲兵率先乘船北遁。
见孔有德率先逃跑了，耿仲明、毛承禄等叛军将领也在二月十六日，分别乘坐单船，带着家属和亲近部下，借着夜色突破明军水师封锁，向东江镇故地逃亡。
剩下的登州叛军眼见得局势已经崩坏到无以复加的地方，所以只能弃守登州城，而把剩余兵力撤退到登州城北面的登州水城做最后的顽抗----并不是他们不想跑，而是没有那么多船让他们跑，所以彻底陷入歇斯底里状态的叛军残余便抱着到时候玉石俱焚的态度，准备坚守到最后一刻。
见到叛军自动放弃登州城，明军便大举入城，进而与叛军开始争夺登州水城。
二月二十七日，时任朱大典身边中军的刘良佐突生奇策，便一面命令正面攻击水城的明军不断发炮轰击水城，尽可能的杀伤叛军，损毁水城防御工事，一面又借助炮击带来的震动生，指挥部下挖掘地道，准备实施针对水城城墙的爆破。
此后，经过一夜的挖掘，在二月十八日黎明前，明军顺利的把地道挖掘到了水城墙根处，并在墙根底部挖出了一个深约一丈、宽两丈的大洞；随即，刘良佐派兵在这个大洞里填埋了1500斤火药；最后，明军点燃引线，引爆了这些火药。
黑火药的威力本身就有限，且明军的黑火药纯度和配比都有问题，爆破效果其实不怎么好，但问题是，刘良佐部塞的火药够多，因此最终还是将登州水城西南角砸开了一面宽约五丈的缺口，并且被炸毁的城墙完美的形成了一个可以从地面直通城头的陡坡，明军官兵见状便一拥而上，准备一举夺取水城城墙。
叛军深知一旦明军攻上城头，便是自己的死期，因此拼死抵抗，并大量丢掷火罐等燃烧物，阻止明军突破，攻城的明军冲上去，又被赶下来，死伤累累。
眼见得明军的士气即将“一鼓盛、二鼓衰、三鼓竭”了，山东巡抚朱大典和监军太监杨作楫等人亲临战场督战，刘良佐更是领头冲杀，并且中箭不退，明军各部见状，大受鼓舞，几部将领也随即领队冲锋，给叛军施加了连续不断的冲击。仟仟尛哾
战斗到十八日辰时，山东援剿总兵邓玘率领亲兵第一个在城墙上站稳脚跟，并牢牢的控制了自己脚下所站的城墙段，掩护其余明军得以顺利登城。
中午时分，叛军终于抵挡不住越来越多登上城墙的明军，便只能丢下无数的尸体，从城头退入了水城之中，只是这些叛军还在最后的负隅顽抗，但这种顽抗根本坚持不了多久，最终，于当天晚些时候，就不得不投降了。
是役，明军斩杀俘获包括孔有德岳父陈奇胜在内的叛军将官40余人，斩杀和逼杀（部分叛军在最后关头跳海自杀）叛军五千，另外俘获叛军及辽民千人、缴获大小火炮300余门，其余军械旗鼓无算，彻底收复了山东全境······
“几位兄弟，不要灰心丧气，其实我们还有重新一搏的力量。”
明军水师虽然封锁了登州外海，但由于当初登州水师全部落入了孔部叛军的手中，封锁登州海域的明军水师手中除了少量商船外，全部都是不合适深入大洋的小型近海船只，因此未能及时追击先后突围的叛军各部，这就给孔有德、耿仲明等人有了反击的可能。
“首先说船，”孔有德咬牙切齿的说道。“我让人数了数，我们还有大船二十只、小船一百六十只，也算是辽海上一股强大的力量了，只要我们找到立足点，就能威胁海漕运输以及扼住辽镇的咽喉，让朝廷不得不重新招安我们。”
“其次，说兵。”见自己的话让眉头不展的几人眼中重新有了光芒，孔有德便继续鼓动道。“我这边还有七百亲兵，耿二手上也有四百亲兵，你们一个个也或多或少有十个八个亲兵，对了，还有四百多裹挟来的川兵，这样加起来也有两千多兵了，当然，这点兵也是不够的，但我们身边还有二千多家属，里面十五六岁的男孩子也有一百多，另外，我们还带出来水手五百多，这加起来就有小三千兵马了，更重要的是，我们还有很多银子和珠宝，只要运用得当，还是有东山再起的机会的。”
提到通过劫掠获得的大量金银珠宝，耿仲明同意道：“有了钱，我们就可以从东江镇再招些人马过来，其实我们起兵之初也就三千多人，不也闹出了这么大的动静嘛，现在我们还有三千，就未必不能再做一番事业。”
在场的叛军残余骨干终于被打动了，因此当即有人问道：“都元帅，都督，我们怎么才能东山再起呢，是不是得找个好去处啊！”
孔有德信心十足的说道：“我已经想好地方了，我们去旅顺。”
“旅顺？”叛军残余骨干们一下子就兴奋起来了。“对啊，我们去旅顺，旅顺可是跟登州一样，易守难攻的，而今又是黄龙这个混蛋在守着，没兵没粮的，我们一定能一举拿下来。”
都督毛承禄皱起了眉头：“可我们的粮食也不多啊！”
耿仲明笑了起来：“放心，我们有银子，自然有商人会闻着味道把粮食送来的。”
见身边人一副不相信的样子，耿仲明便道：“还记得那家经常来登州贸易的祥福瑞嘛，我一早跟他们约定好了，只要我们现在派人去塘沽联络，保证他们会把粮食送到我们指定地方的，就是价钱会高一点，但钱不就是得用在刀刃上嘛······”
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