但在九世纪中叶，藏省佛教曾一度遭到破坏，即所谓朗达玛灭法，曾有一段时间（842－978）佛教沉寂了。称为“黑暗时代”。赤祖德赞的兴佛措施和把王朝军政大权交给佛教僧人的做法，引起贵族们的不满。贵族们谋害了赤祖德赞，拥立朗达玛为赞普后，展开了大规模的禁佛运动。桑耶寺等着名寺院都被封闭，大昭寺改为屠宰场，释迦牟尼等身像被埋藏起来。因为是文成公主把释迦牟尼佛像从内地带来并使吐蕃有了佛教，故文成公主被禁佛者说成是魔鬼的转世。僧人被勒令改信苯教，不愿从命而又戒杀生的僧人被强迫艹起弓箭，带着猎狗去山上打猎。佛教寺庙内的壁画被涂抹掉后，又在上面画僧人饮酒作乐的画。许多佛像被拖出寺院钉上钉子扔入河中，大量佛经被烧毁或扔到水中。这次禁佛运动对佛教的打击是非常沉重的，以致藏省宗教史籍把朗达玛以后的近百年间称为“灭法期”或“黑暗时代”。
朗达玛灭佛一百年之后，佛教后来由原西康地区和卫藏地区再度传入，藏省佛教又得复苏。朗达玛灭佛之前佛教在藏省的传播称为藏传佛教的“前弘期”，之后称为“后弘期”。藏传佛教后弘期根据佛教传入路线的不同，分为上路弘传和下路弘传。这样，佛教逐渐在吐蕃复兴，并发展成独具高原民族特『色』的藏传佛教，而且从11世纪开始陆续形成各种支派，到15世纪初格鲁派的形成，藏传佛教的派别分支才最终定型。主要有宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派等前期四大派和后期的格鲁派等。格鲁派兴起后，噶当派则并入格鲁派而不单独存在。
藏传佛教的派别差异既不像印度的小乘十八派是由于其遵行的戒律不同而分派，也有异于印度的大乘因其主张的教义不同而分派。其派别差异是因不同师承、不同修持教授、所据不同经典和对经典的不同理解等佛教内部因素和不同地域、不同施主等教外因素而形成众多派别。这是藏传佛教的又一特点。
藏传佛教教义特征为：大小乘兼学，显密双修，见行并重，并吸收了苯教的某些特点。传承各异、仪轨复杂、像设繁多，是藏传佛教有别于汉地佛教的一个显着特点。显宗说一切有部、经部、唯识、中观四宗中以中观为最发达。
宁玛派（rnying－ma－ba）是藏传佛教最古老的一个派别。“宁玛”（rnying－ma）藏语意为“古”、“旧’，该派以传承弘扬吐蕃时期译传的旧密咒为主，故称为“旧”；其法统与吐蕃时期的佛教有直接传承关系，历史渊源早于后弘期出现的其他教派，故称为“古”。通称“旧译密咒派”。它是最早传入藏省的密教并吸收原始苯教的一些内容，重视寻找和挖掘古代朗达玛灭佛时藏匿的经典。由于该教派僧人只戴红『色』僧帽，因而又称红教。
除了宁玛派之外，
噶当派、萨迦派、噶举派等教派还属于比较弱小的新兴教派。
噶当派创建于1056年。藏语“噶”指佛语，“当”指教授。通俗说法是用佛的教诲来指导凡人接受佛教道理。噶当派的奠基人，是古格时期从印度迎请过来的着名佛教大师阿底峡，热振寺是噶当派的主寺。该教派以修习显宗为主，主张先显后密。
可惜格鲁派还没有出现，活佛转世制度的采用是格鲁派走向兴盛的转折点。清代格鲁派才形成**、**、章嘉活佛（内蒙古）、哲布尊丹巴（外蒙古）四大活佛转世系统。
借鉴伊斯兰教和基督教的传教手段，也许我们也能通过差异化税收、医疗体系、教育差异化、福利差异化、就业差异化或者铁血的消灭异教徒手段来推进这个藏传佛教的进展？”
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