玛奥微笑着向小智介绍：“这里是宝可梦学校。”小智环顾四周，惊讶地说：“哦，宝可梦学校啊，原来在这里。误打误撞的到地方了!”玛奥看着小智迷茫的样子，忍不住笑了：“原来你迷路了，走吧，我给你带路吧！这边这边。”小智有些尴尬：“不用拽我了，我自己会走。”他轻轻挣脱了玛奥的手，跟在她身后。
在学校内，玛奥带着小智参观各个设施，小智对一切都充满了好奇：“哇，这是什么啊，好酷啊。”玛奥耐心地解释：“这里是学校啊，是学习宝可梦知识的地方。”她带着小智来到校长室，并敲了敲门：“校长先生，我给您带来了一位新生。”小智连忙解释：“不不不，你搞错了，我不是新生。”校长室的门开了，花子和吸盘魔偶走了出来。
花子看到小智，有些惊讶：“小智!你居然可以自己一个人找到这里来。”小智看到妈妈，也感到意外：“妈妈!”这时，大木博士的表弟，大木成也，从校长室里走了出来：“阿罗拉，小智，欢迎来到宝可梦学校。”小智有些迷惑：“大木博士？”成也笑着解释：“哈哈哈，大伙都说我和雪成两个人长得很像。我叫大木成也，请多指教!”
小智随后跟着走进来校长室，和智妈他们分享了所见的事。这时，成也打开了和大木雪成的通讯。成也对着通讯器说：“雪成，是我，蛋已经送到了，你放心吧！”雪成的声音从通讯器里传来：“成也，顺利送到啦，谢谢你啦，小智。”“对了成也，让小智在你那边呆一段时间吧，怎么样。他刚从卡洛斯地区旅行回来不久，还参加过石英大会，城都大会，卡洛斯大会等等。他还是卡洛斯大会的优胜，让他在你那当对战陪练怎么样，顺便还能磨砺磨砺他。”
成也看了看小智，然后回答雪成：“可以啊，小智你的事情我听说了，你愿意在这里留一段时间吗？”小智陷入了思考，看着皮卡丘，他知道这是一个提升自己的机会。花子也劝他：“小智，你就在这里呆一段时间吧，这么长时间里，你都一直在外旅行，也应该休息休息了，在这里还能学到不少东西呢。”小智想了想，同意了：“好的，妈妈，那我就先留在这里。”成也点了点头：“玛奥，你先带着小智去参观一下学校吧！”玛奥兴奋地回答：“好的，校长。我们走吧小智!”
小智跟着玛奥走了一段路，来到一个房间。玛奥骄傲地介绍：“这里就是我们的教室，我们平时就是在这里上课的。”小智环顾了四周，整齐的课桌椅和书本摆放，还有能远眺的窗台，他不禁赞叹：“这里很棒啊，很让人舒心。”小智正感受着这里的风情，突然一位裸露着上半身的大汉走了进来，他热情地打招呼：“二位，阿罗拉”玛奥尊敬地称呼他：“库库伊博士!”小智有些惊讶：“博士？”玛奥解释道：“他就是我们的老师，博士他叫小智!”库库伊博士笑着和小智打招呼：“我认识他，卡洛斯联盟大会的优胜者，小智你那在决赛时候的羁绊进化，太让人震惊了。”小智谦虚地回答：“没有啦，我还需要更多的磨炼才行。”库库伊博士友好地说：“小智，我从校长那边听说了，你在接下来的一段时间里，会作为战斗陪练。请多指教哦!”小智也回应道：“好的!”
突然，校门口出现了一伙人，穿着就像不良少年一样，与之相对的另外一位男子。不良少年威胁道：“你这家伙竟敢拦住我们的摩托车，胆子不小啊。挡我们骷髅队的人就是找死。”男子毫不畏惧：“霸占道路不走的人不是你们吗。”当两拨人发生争执时，小智他们赶到了校门口。小智看到这一幕，立刻上前制止：“喂，你们在干什么!”他的出现让双方都停下了争执，转而看向了他。小智站在那里，准备介入这场纷争，皮卡丘也站在他的身边，准备随时战斗。
小智站在校门口，面对着一群不良少年和一位勇敢的男子，他的声音坚定而有力：“你们在干什么？”玛奥在他身旁低声解释：“他们是骷髅队，是一伙故意找别人茬的人。强迫别人和他们对战，然后抢走别人的宝可梦。”小智想了想，这和火箭队的作风有点像啊。他挺身而出：“那我们，应该阻止他们。”
小智刚想上前，那位男子就发话了：“看来今天要给你们一点教训了，最好不要后悔你们刚才说的话。”不良少年们嘲笑着：“我们还没后悔过呢，出来吧夜盗火蜥，超音蝠，猫鼬少。”他们不讲武德地放出了9只宝可梦，并且十分嚣张地看着男子。
就在这时，小智跑了出来，他的声音充满了正义：“你们这样实在是太卑鄙了，皮卡丘我们不能放任不管!”他转向那位男子：“我来帮你，你叫什么名字!”男子回答：“我叫卡奇，不过我不需要你帮忙。”小智一脸懵，但是还是决定帮他一把：“上吧，皮卡丘，就决定是你了。”卡奇看了小智一眼：“你可别逞强，出来吧，爆焰龟兽。”
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