魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉。
朱由检不为所动，命内侍当庭诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。
之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职。
徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。
十一月初一日，朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减。
十一月初四日，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。
行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢。
客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。
其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”。
魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。
朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。
崇祯元年（1628年）正月十二日，他训诫群臣，他自己也以身作则，勤于政事。
他始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事。
他不仅坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。
他从未懈怠于批阅奏章，往往“批阅至丙夜不休”，甚至还在半夜下达圣旨。
朱由检不仅在明朝皇帝中以勤勉着称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。
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