卡洛斯地区的终结洞窟中，洞穴内的一个地下水形成的河流中，一只类似蛇形的墨绿色与绿色相间的宝可梦，被一群身穿橙红色衣服的人围困到了这里。
这群身穿橙色衣服的人就是卡洛斯地区的秘密组织——闪焰队的成员。
这只宝可梦就是卡洛斯传说中除了哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的最后一只基格尔德，只是现在基格尔德的不是完全体的形态，只是50％形态。
其中一个闪焰队的队员道：“已经把它逼入困境了！准备捕获，上吧！”
众宝可梦们一拥而上，同时用技能发动了攻击，但身为神兽的基格尔德即使只能发挥出平常实力的一半，也不是这么简单就束手就擒的，基格尔德使用了千箭齐发攻击向了闪焰队的成员们，引起了骚乱后，成功逃跑了！
但是闪焰队也不是这么轻易就放弃基格尔德的。
艾岚先行跟着弗拉达利回到了卡洛斯地区，玛农带着哈力君和大吾稍后也来到了密阿雷市。大吾听到了小智的离开前的嘱咐，所以借送玛农回卡洛斯的借口，“顺便”来拜访弗拉达利研究室。
艾岚在见识到了小智使用裂空座时的战斗姿态，心中的斗志熊熊燃烧，要想成为最强就必须翻越小智这座高山才行，所以艾岚在回到了弗拉达利研究室之后就让弗拉达利替他安排能够超进化的对手。
弗拉达利以失败了就要归还喷火龙X的超级进化石和钥石为赌注，要艾岚连续战胜十位使用超进化的训练家，这十场对战采用的还是车轮战的形式。
与此同时大吾带着玛农来到了弗拉达利研究室中，弗拉达利亲自接待了他们。玛农不知道艾岚为什么要先走，见到弗拉达利就迫不及待地问道：“弗拉达利先生，艾岚在这里吗？”
弗拉达利笑道：“当然在啊！他为了挑战小智搜查官，现在正在进行对战练习。”
玛农道：“我现在能过去看看吗？”
弗拉达利道：“可以啊！你带玛农小姐过去吧！大吾先生要一起吗？”
一个工作人员将玛农带去了艾岚进行对战的场地。
大吾道：“我等一下再过去，我此次来是为了参与调查一事。弗拉达利先生，你已经向联盟申请将巨石移送到弗拉达利研究室了吧？”
弗拉达利道：“是的，我们研究室的设备都是最新的，可以锁住能量，联盟也同意了，现在就等巨石送到了。”
大吾道：“既然这样，我这边也跟联盟申请加入了此次的研究计划。”
弗拉达利笑道：“有冠军大吾先生的加入，巨石的研究也能加快很多。”
对战场地上，艾岚已经打败了超级妙蛙花、胡地、赫拉克罗斯、巨钳螳螂、电龙和波士可多拉，艾岚拿出了伤药帮喷火龙处理伤口，中场休息十分钟。
这个时候玛农跑到了艾岚身后，艾岚看到玛农后，道：“你来这里做什么？”
玛农已经有好几天没有见到艾岚了，下意识就想生气，见面后的第一句就是这种责怪的语气吗？玛农想起了刚才她听那个带她过来的工作人员的说过的，道：“我来做什么？比起这个，我听说你跟弗拉达利先生赌上了超级进化石和钥石来战斗是真的吗？”
艾岚坚定地点了点头，道：“是真的！”
玛农道：“为什么要这么做？”
艾岚冷漠道：“这件事与你无关吧！”
哈力君想要帮玛农，但却被玛农拉住，玛农问道：“那我们的旅行要怎么办？”
艾岚道：“是你自己要跟着我的！”
玛农道：“只要有艾岚在，我和哈力君就会变强！我们今后也一起旅行吧！”
艾岚道：“不可以，你继续跟我在一起就会遇到危险！”
玛农道：“艾岚......”
艾岚狠下心道：“玛农你还不知道吗？你继续跟我在一起，我就不能变强！”
玛农道：“我知道了。”玛农说完就小跑离开了对战场地，哈力君追在后面。
哈力君找到玛农的时候，玛农失落地靠在研究所的阶梯旁，玛农道：“哈力君，让我一个人静静......”
哈力君点了点头。玛农不知道就是这个时候，她的这个决定会让她后悔不已。
哈力君来到大厅的时候，似乎像是听到了什么在求救一般，顺着听到的声音来到了研究室内，基格尔德只剩下了核心部分，它见到哈力君后便再次向他呼救！
研究室内的研究员们，对着困住的基格尔德的机器再次进行操作，耀眼的绿光使得它很难受的样子，哈力君的头上的尖刺也振动了起来，身体也泛出了绿光，感知到了危险预警。
基格尔德核心周围的细胞开始向核心聚集而来，射向基格尔德的核心的射线正是超进化的能量！此时能量还是发生了异常，在这些研究员想要将数值调回正常的时候，发生了强烈的爆炸！
实验室内的灯光完全被刚才爆炸毁了，哈力君和基格尔德核心的绿光却保留了下来。基格尔德的核心虚弱的倒在地上呼救，哈力君冲到了基格尔德的核心前面用藤鞭就将它给救走。
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