永元五年（93年），东汉护送北匈奴 於除鞬单于归北庭，当时窦宪被诛，耿夔亦被免官夺爵，北匈奴单于於除鞬听闻后便趁机叛乱，刘肇派遣“护匈奴中郎将”任尚讨灭了北匈奴於除鞬单于。同年，南匈奴单于安国叛乱，为骨都侯喜斩杀。
永元六年（94年），北匈奴逢侯单于率胡兵出塞叛乱，九月，刘肇以光禄勋邓鸿为主将，统帅越骑校尉冯柱、行度辽将军朱徽、使匈奴中郎将杜崇征讨匈奴叛军，十一月，护乌桓校尉任尚率鲜卑大都护与乌桓大破逢候单于，冯柱遣兵追击复破之。
永元八年（96年）五月，南匈奴右温禺犊王叛乱寇边，七月，行度辽将军庞奋、越骑校尉冯柱追讨叛军，斩杀右温禺犊王。
永元二年（90年）夏，贵霜帝国君王卡德菲兹二世(阎膏珍)[88]求娶大汉公主却被拒绝，便派副王谢率领7万大军长途奔袭，翻越葱岭(帕米尔高原)攻打东汉。班超手下兵少，大家十分恐慌，班超却说：“对方兵虽多，却跋涉千里，连军粮供不上，何足为惧？”贵霜大军本想速战速决，不料久攻不下，军粮也快没了。班超料到谢会派人向龟兹求援，就让数百名汉军埋伏途中，将贵霜人统统截杀，谢大惊失色，只好请罪求和。贵霜帝国大为震撼，从此每年都向东汉纳贡。
永元三年（91年）刘肇西巡期间，班超制服了西域的龟兹、姑墨、温宿等国。十二月，刘肇任命班超为西域都护，同时册封随行的龟兹国侍子白霸为王，派司马姚光护送他回到龟兹国继承王位。司马姚光到达后，与班超联手废黜了龟兹老国王尤利多，拥立白霸为新一任国王，并将尤利多押送至京师洛阳。班超驻守龟兹它乾城，西域只剩焉耆国、危须国、尉犁国怀有二心，其余皆定。
永元六年（94年）七月，班超率领西域八国联军7万余人，大破焉耆国、尉犁国、危须国、山国，并斩杀了焉耆与尉黎两国的国王，将其首级传送至京师洛阳，献于汉和帝。至此西域全体归降，向东汉送纳质子的有五十余国。
永元八年（96年）五月，车师后王叛乱。永元九年（97年）三月，西域长史王林击破车师后王并杀之。
永元六年（94年）十一月，任尚调动鲜卑大都护(苏拔廆)的军队击破北匈奴逢侯单于，次年（95年）正月，刘肇册立鲜卑大都护（苏拔廆）为率众王，同时置丞辅佐，视作汉之郡县。东汉政权赢得了鲜卑诸部广泛的认同与拥护，取得了良好的治理效果。东汉对鲜卑的有效治理，对中华民族共同体的形成和统一多民族国家的巩固做出了贡献。
由于鲜卑在北匈奴西迁后占据漠北，范围辽阔，东汉还设置了护乌桓校尉等机构，同时派遣度辽将军，与鲜卑大都护共同管理鲜卑。在臣服于东汉、接受东汉护乌桓校尉管理的同时，仍会有一些鲜卑人为获取生存物资而抢夺财物，但往往很快就被击破，如永元十三年（101年）十一月，有鲜卑人到右北平行盗寇之事，在进入渔阳后便被渔阳太守击破。
永元五年（93年），武陵郡兵大破武陵蛮，护羌校尉贯友讨伐烧当羌使其遁逃。
永元九年（97年）八月，羌人侵犯陇西杀长史，刘肇派遣征西将军刘尚、越骑校尉赵世等平定羌乱。
永元十三年（101年）八月，护羌校尉周鲔讨伐烧当羌，大破之。
永元十三年（101年）十二月，巫蛮叛乱，侵犯南郡，永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵迫降巫蛮。
永元十四年（102年）春，安定郡兵攻灭烧何羌，于是西海(青海湖)与大小榆谷之地不再有羌寇。曹凤上奏说，大小榆谷土地肥美，有西海鱼盐之利，应当在此重新设立西海郡县，划定区域广开屯田。
刘肇采纳了他的建议，修缮故西海郡，派金城郡西部都尉驻守西海郡，同时拜曹凤为新一任金城郡西部都尉，驻兵于龙耆城，于是东汉在青海湖一带广增屯田，沿河驻扎的兵营共三十四部。直到汉安帝永初年间诸羌造反，才被裁撤。
永元一朝，武功赫赫，开疆拓土，四夷宾服。
刘肇十分体恤民众疾苦，亲政后关心民间疾苦，曾多次下诏赈济灾民、减免赋税、安置流民、勿违农时，并多次诏令理冤狱、恤鳏寡、矜孤弱、薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。
到了永兴元年（公元105年），东汉垦田面积达732万多顷，为东汉之最，在籍人口达5325万多人。
汉和帝在位时期，在科技上亦有不少建树。
造纸技术
公元105年，蔡伦在前人的基础上改造了纸张的制造技术，使中国的文字记录方式脱离了使用竹简的时代，同时造纸术也作为我们熟悉的中国古代四大发明之一而流传至今。
制陶技术
东汉对后世的另外一项贡献是制陶业的发展，它使中国彻底脱离了青铜时代的材料束缚，把一些以前为豪门贵族专有的用品带入了寻常百姓家。
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