崇祯元年，崇祯皇帝在朝中大臣的建议下，重新启用袁崇焕。任命他为兵部尚书兼任右副都御史。
督师蓟辽，对抗后金。同时还兼督登莱、天津军务，全盘接收对后金的战斗。
崇祯元年，他上疏，陈述兵事。崇祯皇帝于平台召见他，他声称可以五年复辽，崇祯皇帝对此大加赞，并重赏了他。
有的大臣有疑问，如给事中许誉卿，问他复辽的策略。他说只是安慰皇上，还是要慢慢图之。
许誉卿反问，“皇上英明，怎麽可以随便应对。他日按照期限追求成效，你该怎麽办？”
他这时也反应过来，不该如此托大。失言了，他就努力找补回来，“五年复辽是不容易，皇上既然信任我，对于臣子，又怎能推脱。
五年内，户部军饷，工部器械，吏部用人，兵部调兵选将，复辽必须内外配合，才能成功。”
崇祯皇帝明白，这是对的，让四部按照他的话办。他担心往边关后，朝廷有人再次诽谤，将担心告诉崇祯皇帝。
崇祯皇帝在听取了大学士刘鸿训等人的建议，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将尚方宝剑赐给他。
此前熊廷弼、孙承宗因受到排挤陷害，难以舒展。
他又上书说了一大通道理。其中：“恢复辽地，不外乎以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守是正规的策略，攻战是变通的策略，和议是辅助策略的说法。
皇上用人不能三心二意，驾驭边防大员与朝廷内不同。军中应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的过失。
陛下爱护臣了解臣，臣心中有所危惧，不敢不告诉。”
崇祯皇帝为了表示信任，发优诏答覆他，并赏赐蟒袍玉带、银币。但他为表忠心，上疏推辞，不接受蟒袍玉带。
崇祯二年，驻守宁远的士兵因为军饷不足而哗变，他用计将其平定。
他请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，他自驻宁远。
他还上书给崇祯皇帝，大力称赞祖大寿等将领，说五年复辽全靠这三人来实现。
如果五年后复辽没有实现，他将亲手将这三人斩杀，他到朝廷领罪服死。
崇祯皇帝看了他的上述，大加赞赏。加封他为太子太保，并赐给蟒衣银币。
崇祯二年，他认为，东江毛文龙能牵制后金军，但耗费钱粮巨大。他就上书让朝廷来管理毛文龙部，毛文龙不喜，也上书争辩。
为了解决矛盾，毛文龙拜谒他，他以上宾之礼接待毛文龙。在对话中，话不投机，他决定除掉毛文龙。
到了五月，他以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴招待他，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有觉察到危险来了。
酒后，他邀请毛文龙观看将士射箭，在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等埋伏。
毛文龙抵达后，他问毛文龙随从官员情况，得知大多都是姓毛的。毛文龙还大手一挥，“这些都是我的孙子。”
他笑着说：“你们在海外长久劳累，粮食不足，很辛苦，受我一拜，请为国家尽力。”众人都叩头回拜。
接着他翻脸了，说了很多毛文龙违法做的事，毛文龙与他争辩，他就斥责毛文龙，下令将毛文龙的捆绑起来。
毛文龙表示不服，他就列数毛文龙的十二条罪状，拿出皇上钦赐尚方宝剑，斩杀了毛文龙。
他杀了毛文龙后，害怕毛的部下叛变，也采取了一些补救办法，如增加饷银等。
他上书给朝廷：“东江镇现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”
崇祯皇帝对兵员减少军饷却增加的事情不解，但是看他奏请，也就答应了。
崇祯二年十一月，后金皇太极举兵数十万进入龙井关、大安口，他率领祖大寿、何可刚进了山海关，经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都做了布置。
崇祯皇帝得知后非常高兴，下令嘉奖他的部下，并让他统领指挥各地援军。
不久之后，局势恶化，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。
后金军越过蓟州往西，直逼京城，他忙率兵护卫京师。崇祯皇帝召见了他，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳他。
他以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。
他率军在城外与后金军鏖战，互有胜负。他令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，他在西面列阵以备战。
中午，后金骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。
后金军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，而明军损失也很大。
他又派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京师之围遂解。
原来后金军从外绕开他进关，而他得知后金军入关，千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪。但是他被崇祯皇帝关了起来。
朝中大臣也认为是他放清兵入关，纷纷诽谤他，崇祯皇帝对此也很怀疑。
后金军略施一礼，反间计离间崇祯皇帝和他，说他与后金军有秘密约定。十二月，崇祯皇帝准备将他下狱。
十一月，刘洋在接到清兵入关，立刻召开会议，准备勤王顺便营救他。
在刘洋计划里，他是未来的防御战负责人。在会议上，刘洋也不讨论，命令，贺老道负责归化城，许三的归化独立师不动，负责河套防御。
王嘉胤驻守定边花马池，从起义军中抽出五百人，配双马，跟随刘洋去京师勤王。
仪宾府，张白常龙守家。虎头岭是王举人和李兴负责，留三师贺大牛和沈明杰去虎头岭防守。
二师杜文焕和王嘉胤一起防御榆林镇和定边花马池广大地区，尤其防备林丹汗的偷袭。
刘洋带上高君宝，李二愣，刘铁蛋，国文以及锦衣卫一百人的护卫，先行一步，去京师搞风搞雨。
后续临时组建的独立营有刘天宝统领，赶得上京师最后一战就行。
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