卢循虽然接受任命上岸为官，但依然为非作歹，行劫施暴，时刻准备作乱谋反。
桓玄使部下暗示朝廷，封己为豫章公、桂阳公，并保持原南郡公，享三公之爵。朝廷无奈从之，桓玄即将豫章公封给儿子桓升，桂阳公封给侄儿桓俊。
朝中闻之，无不大哗。
桓玄既平刘牢之，寻隙将吴兴太守高素、将军竺谦之及从兄竺朗之、刘袭及弟刘季武杀之，因其皆为刘牢之所统北府旧部之故。
刘袭兄长刘轨时任冀州刺史，因闻兄弟被无辜杀害，遂联合司马休之、刘敬宣、高雅之等人占据山阳，进攻姑孰，讨伐桓玄。战之不利，因而退走。
原北府将领袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人赶至，与刘轨、刘敬宣一起逃亡。
先欲投奔北魏，但到陈留以南，却又意见不合，分为两路：刘轨、司马休之、刘敬宣等人投奔南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等人投奔后秦。
后秦王姚兴亲自接见袁虔之等人，问道：桓玄才略，与其父桓温相比如何？
袁虔之答道：桓玄乘晋室衰微动乱之机，窃据宰相高位操纵大局，为人多疑猜忌，刻薄残忍，刑罚赏赐又极不公平。据臣观察，才能远不如其父，野心犹有过之。桓玄今掌朝中大权，必要篡权夺位，正可为他人起而除之，以供口实也。
姚兴以为言之有理，遂命袁虔之为广州刺史，余者各以其才任用。
桓玄此时以为政敌尽除，愈加狂悖，甚于其父桓温。
于是重入建康，废除元兴年号，恢复隆安，不久又改元大亨。
自为太尉，加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名，分派桓氏宗族亲信，出任内外职位。
又下诏全国避其父桓温名讳，同名者皆要改之，赠其生母马氏为豫章郡太夫人。
大亨元年，桓玄迁升大将军，又奏请率军北伐后秦，但因自知不敌，随后复暗示朝廷下诏阻止。其玩弄权术哄骗世人，却使人一看便知，浅薄之至。
当年桓伟去世，桓玄如断手足，便觉势孤。亲信殷仲文及卞范之见此，皆劝桓玄篡位。
桓玄信以为然，遂晋升桓谦、王谧、桓修等人，使皆处要职；自命为相国，更划南郡、南平、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平共十郡于己，使朝廷封自己为楚王，加九锡，并置楚国官属。
及后桓玄自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相府，不臣之心昭然若揭。
诏书下达荆州各郡，殷仲堪党众庾仄不服，起兵反抗。因趁荆州刺史桓石康未到，引七千人袭取襄阳，震动江陵。桓石康后引军到，将其平定。
桓玄假意上表归藩，却又代朝廷作诏挽留自己；然后再请归藩，又要晋安帝下诏挽留，如此反复不已。故此自编自导，自己上表自己下诏作答，乐此不疲。
另命人不时报告祥瑞，便与当年王莽篡汉一般，疯狂制造舆论。又常想像有高士出现，以辅佐自己篡位受禅，高士不出，遂命皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士，出入相府。但皇甫希之腹中并无甚才学，开口说话便漏其底细，被时人称作“充隐”，以为笑谈。
大亨元年十一月，桓玄自加冠冕，戴天子规格十二旒，又加车马仪仗及鼓吹乐器，改称楚王妃为王后，世子为太子。
十一月十八日，由卞范之写好禅让诏书，命临川王司马宝逼迫晋安帝抄写。
二十一日，由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙，奉晋朝诸帝神主至琅邪国。
及后百官到姑孰劝进，桓玄又假意辞让，官员又坚持劝请，闹个不亦乐乎。
直到折腾够了，桓玄故作勉从众官所请，于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，改元永始，封晋安帝为平固王，迁于浔阳。
桓玄篡位后骄奢荒侈，游猎无度，通宵玩乐。因其性格急躁，呼召时皆都要快速到达，当值官员都在省前系马备用。
宫禁内事务烦杂，已经不像朝廷，倒似集市。
桓玄又兴修宫殿，建造大乘舆，可容纳三十人。百姓疲惫困苦，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人于是暗地募兵，欲以讨伐桓玄。
永始元年二月，刘裕等人正式举义，在京口、广陵、历阳和建康四地一同起兵。刘裕派周安穆向建康刘迈报告，使作内应；然而刘迈惶恐，更向桓玄告发。
桓玄大赞刘迈忠义，封为重安侯，命其收捕周安穆。其后又谓刘迈收捕不力，于是诏命诛杀，并杀其部下诸将。诸葛长民于历阳举兵，亦被刁逵所捕。
刘裕等经过一番苦战，终取京口、广陵两郡，擒杀刺史桓修、桓弘，进至竹里。
桓玄加桓谦为征讨都督，率兵以抗。
桓谦领命，请求派兵往攻刘裕。
桓玄畏惧刘裕兵锐，不敢主动出击，便对桓谦说道：兵法云以逸待劳，以静制动，无往而不胜者也。刘裕叛军自京口远道来袭，若到建康后见我大军严阵以待，则必然惊愕，军无战心。我军固守不出，对方求战不得，自会散走。彼时我再出垒击之，刘裕不战可擒矣。
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