将利欧路送回故乡之后，小智等人继续朝着湖滨市前进。
不过在湖滨市的神奇宝贝中心，正准备去挑战道馆的小智忽然感觉自己的脑袋像裂开一样。
“我感觉到了......亚克诺姆。”
原来是神奥地区的反派组织银河队正在捕捉在立志湖的亚克诺姆，而亚克诺姆则对小智发起了求救信号。
亚克诺姆和由克希以及艾姆利多统称“湖之众神”，栖息在神奥地区的三大湖中，传说它们由创世神阿尔宙斯创造，代表了宝可梦世界中人类与宝可梦之间的联系，其中由克希给人类带来了“智慧”，艾姆利多让人类学会了“情感”，亚克诺姆赠与了人类“意志”。
亚克诺姆出事，由克希和艾姆利多也一同现身，不过都被银河队用特殊的科技武器捕捉了起来。
而另一边，赶往立志湖的小智等人直接被由克希他们直接召唤到了银河队的总部，也是由克希他们被关起来的地方。
而小智也发现银河队的老大竟然是之前认识过的赤日。
更让小智惊讶的是，赤日作为反派大boss，捕捉亚克诺姆他们的原因竟然是为了创造新的充满和平的世界！
“有什么好吃惊的啊，大反派不是想统治世界，就是想毁灭世界，这不是很正常的事情吗？而想毁灭世界的大反派里面，总会有几个勤奋一点的，会想着再创造一个。”
小光表示波澜不惊，还嘲讽了赤日一句，“大叔，这年头当反派也要有点新颖的动机好嘛，毁灭世界什么的，太老套了呀！”
不过赤日作为成熟的，才不会跟一个小女孩在言语上较量，行动才是最有力量的语言。
赤日开启了一个古老的祭台，利用亚克诺姆他们的力量，召唤并控制了帝牙卢卡与帕路奇犽，利用他们时间和空间的力量创造新的世界！
“快阻止帝牙卢卡与帕路奇犽！攻击控制了他们的圆环！”
竹兰指挥着烈咬陆鲨使出了“天龙流星”。
同时，皮卡丘的“十万伏特”，波加曼的“泡沫光线”也紧追而至。
不过这些攻击都被帝牙卢卡与帕路奇犽轻松挡了下来。
而在这时，鹿云也只能出现了。
本来鹿云还想看看在这种世界陷入危机的时候，会不会出现其他的神兽什么的来拯救世界，这样得到阿尔宙斯踪迹的可能性就会大很多。
不过现在看来，应该是不会有其他的神兽出现了。
鹿云一出手，就直奔帝牙卢卡与帕路奇犽而去。
“路卡利欧，太危险了，快回来！”
小智急切的喊道，打打普通的神奇宝贝没问题，但对面可是空间之神和时间之神，路卡利欧也太勇了吧！
“他们可不是一般的神奇宝贝，他们是......二班的......”
看着路卡利欧一拳打晕一个神兽，小智也是直接懵了，这是我的路卡利欧，这怕不是阿尔宙斯变得吧！
阻止了银河队，鹿云又解开了银河队对由克希他们的控制。
由克希他们带着帝牙卢卡与帕路奇犽离开，鹿云也把在场的所有银河队的成员全部放逐到异空间之中。
窒息、渴死、饿死等等，至于是哪种死法，就看他们的运气了。
无论是有着多么“高尚”的借口，这种危害世界，拿整个世界的人的安全当儿戏的家伙，根本没有活下去的必要！
解决了这些麻烦，鹿云瞬间消失在众人面前，跟着由克希他们去了某个地方。
而危机解决，小智等人也松了口气。
“小智，这次铃兰大会你不会就是要用刚才的那个路卡利欧吧！”
竹兰担心的问道。
竹兰作为神奥地区的冠军，是会和铃兰大会的冠军交手的，输赢什么的，竹兰不会计较。
但现在，竹兰很担心她的烈咬陆鲨的生命安全！
打神兽都是一拳一个，那她的烈咬陆鲨岂不是很危险。
一旁的烈咬陆鲨瑟瑟发抖，并表示自己吃坏了肚子，不能参加这次比试了。
“放心吧，竹兰小姐！如果我能成为冠军的话，一定会全力以赴，努力说服路卡利欧跟你对战的！”
这种挑战强敌的心情，小智太懂了！
烈咬陆鲨：你懂个6啊！
事情结束，小智继续前前进在收集徽章的道路上，而鹿云则去了一个名为米季纳的地方。
千年前，米季纳遭受了陨石的攻击。而这时，阿尔宙斯出现，击碎了陨石，但也因此受到重创，身上的生命之源也散落到四处。
而一个名为达摩斯的人帮助阿尔宙斯找回了这些生命之源，作为回报，阿尔宙斯用了地面、水、草、雷电、龙五种生命之源，合成生命宝玉并借给达摩斯，让他可以借助生命宝玉的力量让被陨石攻击的米季纳恢复生机。
但在约定好的月食之日，达摩斯的手下奇辛担心没有了生命宝玉，米季纳会重归荒芜，于是用神奇宝贝催眠了达摩斯，让达摩斯下令攻击阿尔宙斯。
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