毛国科简单汇报了他使日前后三年的情况，之后，浙江巡抚刘元霖、经理万世德，及经略刑玠都曾在奏疏中转引了毛国科的汇报。
毛国科是四月十六搭乘至日本贸易的福建乌尾商船回国，但奇怪之处在于，他回国之后，因‘全无牌票可凭’，故使日之事迟迟得不到认定。刘元霖就在其上疏中写道：毛国科等执称二十六年十一月初五奉差宣谕，全无牌票可凭……但浙自壬子被倭以来，民不通番，倭不轻人……是以严防痛绝。
到了九月十日，兵部亦覆刑玠、万世德《倭奴解送华人疏》——用间之法，兵家不废，下海之禁……毛国科自称宣谕，初无文凭，既解至闽，应听审明真伪，酌议功罪……但奸商高光国等人航海年利，宜从重究。
高光国是徽商，手中有一面倭国给予贸易权的白绢旗，上有番号及年月，因他被重究，遂一并追解入官。
直到十二月五日，兵部会审最终结果是：除了书、器进纳外，毛国科仍送经、抚两臣备查真伪，奏上定夺。另外，沿海省直移文督抚，严禁奸商阑出，以防窥伺勾引，并咨朝鲜国王提备釜山一带，毋令狡奴复觇（窥视）。
朱翊钧允了兵部会审结果。但毛国科之事，历时半年多还未认定下来，其实他的事情本来明白无误，随同他一道回来的还有日本人喜右卫门和小大胜门两人，他们的口供也能作为旁证。实际处理起来却是一波三折，礼部尚书冯琪，前任尚书余继登卒于任上后，由礼部侍郎升任，他与刑玠同为山东老乡，朝中关系密切。
就曾写信说道——初闻毛国科等返回，必自侈（自我炫耀）其游说之功，恐忌者且借以为辞。比见士夫都未有言及者，盖公论已定矣。军中间使，自是常事，贵如李宗诚，效如沈惟敬，尚不能止倭之不来，毛国科辈何能为？即使能为，郦生亦不损淮阴之功耳？
刑玠对于毛国科之事颇有顾忌，在年初到四月间，毛国科等人回国之际，也正是和、战双方争斗最激烈的时候，再加上有心秉持公论的监军御史陈效突然身死朝鲜，他的回国，又恰好暴露的东征军高层曾经乞和谈之事，这对标榜‘东征之役专注剿’的刑玠来说，就是他亲口说过的‘如果臣有讲和用贿实迹，即斩臣于市，以证欺君辱国之罪’这不啻为一记重锤，故他写信给冯琦询计问策。
到了朝鲜之战的后期，刑玠转而寻求和谈，因和谈是秘密进行，他虽报与了沈一贯，但仍然是瞒着万历皇帝。
丁应泰第三次弹劾，弹劾刑部尚书萧大亨与科道张辅之、姚文蔚等人朋谋欺罔，经略刑玠赂倭卖国，及朝鲜的阴结日本。若是做实了毛国科的事迹，不就间接证明丁应泰之弹劾是对的。
当时中路军的董一元和西路的刘綎接连吃了败仗，刑玠的压力不可谓不大，而这个压力就来自朝堂之上，主和与主战是朝廷两个阵营的标的，同样也是攻击对方的利器。
杨镐、刑玠身后是以张位、沈一贯为主的主战派，丁应泰身后是以赵志皋为主的主和派，而和、战之争实质就是为党派谋利益，刑玠需要证明自己路线正确，来争取东征功罪的话语权。
但这中间也不能忽略毛国科这么一个人，他在朝堂大佬的眼里，或许就是一白丁，但对于一介平民来讲，‘平倭奏凯’就是他人生当中的巅峰，是一段可歌可泣的生涯，就算不被当局承认，但草民的自我认定，也是需要通过别人的看法乃至当局的裁定才能确定标杆。
直到十二月五日的兵部会审，最终结果依然是未能定下，也说明和、战之争依然没有最后结果。
回过头来再看朱翊钧，他最后选择了息事宁人，不再追求真相。无论如何，日本已经撤军了，而朝堂需要安宁，他需要耳根子清净，所以，他采取了‘功疑为重，罪疑为轻’的法子，选择支持了刑玠，这样也维持了朝廷的体面。
但是，朱翊钧固然不再追求真相，不代表别人也不对真相感兴趣。
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