虽说杨元久经沙场，但三天下来，守军伤亡惨重，而且护城河也被倭军填平，眼看破城在即。其实他也非一味死守，三天后，便开始寻求和谈，只是小西行长的意思是希望他让出南原，但杨元却对使者道：“我自十五岁为将，横行天下，战无不胜！今以精锐十万，来守此城！退保？无命令也！”
谈判使者无法说服杨元，便从南门退去，待出了南门又回头对城内喊道：“千余残卒，岂能当百万之众？天将有何恩于朝鲜，而致贻后悔耶？”
如此动摇军心的话果然奏效，城内残余兵卒已毫无士气可言。
到了十六日，倭军再次催促杨元让出南原城，看看眼前的形势，耳朵里听到的是震天的哭声，杨元也知此城难保，城内的守军在盼着陈愚忠的援兵，可只有他心里清楚，陈愚忠不会来。
“恐顾彼失此也，非不欲救，信地难以轻离……”
傍晚二更时分，南门就被攻破，倭军杀将进来，此时的杨元才从梦中惊醒，显得异常狼狈，他迅速脱掉传报官的衣服鞋子自己穿上，抛弃了城内还在坚守的明军、朝鲜军，带着自己的随从，从西门逃走。
西门是小西行长的一万六千兵马守着，而小西行长得到消息后，想了想，为了将来还能与明朝谈判，最终还是放了杨元一马。
杨元坚守了四天，南原最终城破，倭军进入南原，随即展开屠城……
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南原失陷后果十分严重，驻守全州的陈愚忠为保存实力弃城而走，吴惟忠也接到撤兵命令，撤离了忠清道。倭军随后就长驱直入，不仅全州，黄石山城、公州等地也相继沦陷，王京汉城岌岌可危。
南原一役，已是雪上加霜，早在七月，元均率领的朝鲜水军被倭水军大败于漆川梁，几乎全军覆没。如此一来，十二万水陆大军并进，直逼汉城。
而此时朝鲜国王李昖唯一能做的就是哀告中央朝廷：目今贼之大势，三路并进，充斥忠清道内林川、韩山、青阳……稷山，已及京畿，剥肤之患，迫在朝夕……
尽管倭寇还在畿辅之外，汉城却已然骚乱起来，百姓四散逃离，朝鲜王廷有朝臣献策，让王妃世子先幸黄海道遂安以避。
与此同时，先期入朝的明军也陷入困境，因为二城的失守，遂造成东西皆倭的局面，势单力薄，只有退守王京，依险汉江。
老油条麻贵此时正驻守王京，他对守住汉城并没把握，手上兵力不过万余，再加上与朝方配合不利，面对这样的局势，他不禁陷入深深思考——
“与其守汉城不如退守鸭绿江……等刑经略调来援朝大军之后，再谋求光复汉城吧，”虑定，他便提笔给刑玠写信，而后又去告知朝鲜国王，做好准备与他一起离开。
只是他似乎忘了此时刑总督不在朝鲜，兵务临时调度则是在平壤的杨镐杨经理负责。
杨镐一听说麻贵想放弃王京，以为不妥，于是便星夜兼程从平壤杀到王京汉城。
杨经理一身凛然，到汉城之后，立即招来麻贵：“骂替独，你这是想赶煞？”
麻贵见到杨镐这才一激灵，哎呀，怎的将杨经理忘记了？娘的，文官得罪不起啊！
鸡贼的麻贵很快就打消了弃守的念头，而杨镐为收拾军心计，决定整饬军纪，首先就是问罪于败将杨元及逃将陈愚忠。麻贵还想保下陈愚忠，只是杨经理早已将两人的罪状拟好并呈给刑玠。
尤言陈愚忠的罪责：“谓南原被围，已传檄愚忠催督数次，而愚忠按兵不凯南向……”
麻贵心中暗骂：免门票！瞧这话说的，好像就跟他无关一样！老子幸亏没有弃守，否则，指不定他要怎么打小报告呢！
刑玠得报后也很快上疏朝廷：请以重典治二将失律之罪。
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