高潮阶段，悲剧成了动画主旋律。
樱的身边有了真正的亲人凛，有了爱自己胜过万千的士郎，她完全融入了卫宫宅的生活，成了这个小家庭的一部分。
然而幸福和美满只是短暂的。
樱的身体被改造成了圣杯容器，她的身体也会出现曾在爱丽丝菲尔身上出现的状况，浑身无力、人类机能退化，到后来甚至连动一步都难。即便如此，她依旧每天露出开心的笑容。对她而言，现在所拥有的一切，都是只有做梦的时候才敢想的事，亲身体验之后，是那么的温暖，那么的幸福，那么的不舍……
可看着樱的身体一天比一天差，士郎和凛却感受到了止不住的悲哀。樱身上发生的是无可逆转的情况，随着圣杯战争进行，她的身体会越来越差，直到失却人形，成为圣杯。但两人心有灵犀的什么也没说，只是每天都陪在樱的身边，给她期望的幸福和快乐。
樱睡下之后，士郎和凛夜里出外巡逻，却发现整条街的人都被不知名的黑影吞噬。接着黑影遇到了吉尔伽美什，黑影被打成重伤，吉尔伽美什也因一时不察，被黑影吞噬。在其他线路中作为boss登场的吉尔伽美什，在HF线高潮初起阶段领到了导演发来的带鸡腿的便当。而这次重伤，让樱认清了一件事，原来自己就是那黑影，梦中的事情都是自己做的。
樱没想到的是，自己现在经历的，所想的，一切都在老虫子的监控下。
老虫子多次安排樱偷听到姐姐凛和士郎间的谈话，刺激她内心深埋的不安和自卑，同时也刺激着埋在那灿烂笑容下的阴影——妒忌。
圣杯战争接近尾声，樱愈发控制不了自己，原本她希望由自己心爱的人赐予死亡，内心藏着希望他永远记住自己的小心思，只是士郎根本下不了手。
感觉自己的生命走到尽头的樱，决定和老虫子做个了断。所以她动用了最后一枚令咒，要求rider不管将来发生什么，面对何人，都要站在士郎身边，代替自己守护他，直到生命最后一刻。
令rider变成自己模样留在卫宫宅，孤身一人回到间桐宅质问老虫子。对樱一举一动了若指掌的老虫子，安排了慎二守大门。
被嫉妒和欲望烧毁了理智的慎二企图强暴樱，一边撕扯一边从言语上侮辱樱，于此同时，老虫子控制刻印虫折磨樱的肉体和精神，难以为继的樱在老虫子的诱导下，彻底黑化，撕裂了一直侮辱自己的慎二。
之后，为了得到圣杯，亲自来到卫宫宅抢夺伊莉雅。
凛不敌黑化樱，在凛即将被杀死时，士郎赶到，他站在凛面前，准备用自己的身体劝樱回头，然而黑化樱却完全不顾面前男人曾是自己心中唯一的光明，竟要对士郎动手。好在之前对rider的命令救了士郎一命。
士郎是黑化樱唯一的缺陷，只要士郎死掉，樱的内心就会永坠黑暗，彻底沉沦。然而这一枚令咒，终于保住了她最后一丝人性，她面对士郎时，依然会有动摇。
Rider无法对樱出手，只要黑化樱不伤害士郎，众人面对她只能予取予求。于是，伊莉雅站了出来，自愿跟她走。
结局的主旋律是悲壮，次旋律是救赎。
绮礼的萝莉控之魂觉醒，亲自找来和士郎联手，趁着黑化樱处于被侵蚀的痛苦之际，两人救出了伊莉雅。
老虫子带着咒腕哈桑追来，绮礼要求断后。他展示了非人般的实力，跟咒腕哈桑和老虫子两人对阵还不落下风，甚至利用被黑泥改造过的异常体质，诱骗咒腕哈桑显露漏洞，引诱他使用宝具——妄想心音，然后趁机杀死了老虫子的肉体。
将伊莉雅带回卫宫宅后，她为众人讲述了黑圣杯的始末。这时，黑化樱将残留的部分人性挤进曾经的黑影中，而这黑影来到卫宫宅，通知三人赶快逃跑，因为她不知道什么时候本体会迷失本性。士郎坚定的表示自己一定会救你；凛表示为了远坂家的荣耀，一定会得到圣杯，并杀掉你。
决战前，士郎、伊莉雅和凛三人找到了宝石剑的设计图，并制作出这件传奇礼装，三人约定由凛和黑化樱做最后的了结。
另一边，老虫子的肉体被毁，他准备夺取准备了十年的樱的肉体，却没想到此时的樱早已脱离了他的控制。而蠢蠢欲动的老虫子本体也被樱感受到，她从自己的心脏上揪出一只恶心肥胖又丑陋的虫子，那就是老虫子寄生的本体，它被扔在地上，像常人抬脚踩死蟑螂一样被黑化樱碾死了。
最后一集大决战。士郎带着rider和凛来到柳洞寺，三人面对的是魔力无限的黑saber。
黑saber按照约定，放凛过去，并挡住了rider和士郎。
曾被saber当做绝招使用的咖喱棒，在黑无毛的手上成了读条长无CD不耗蓝的小技能，黑色的暗之洪流在空气中咆哮奔腾，仿若灭世之光的黑色不祥从剑尖中不尽的倾泻，仿佛持剑的人是无敌暗之女战神。
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